La Pokédex es una especie de agenda electrónica en la que quedará registrada la información de todos los Pokémon que te encuentres, así que el objetivo será encontrar a todos los Pokémon del juego con el fin de tener la Pokédex completa.

Inicialmente estará en Modo Hoenn, con lo que sólo reconocerá a 202 Pokémon (es decir, los correspondientes a las versiones Rubí, Zafiro y Esmeralda).

Pero una vez quedes Campeón de la Liga Pokémon, el Profesor Abedul te la actualizará, con lo que podrás ponerla en Modo Nacional y reconocer Pokémon de cualquier versión existente (es decir, del 1 al 386).
Eso sí, en estado salvaje y que puedas capturar sólo verás 202 Pokémon. Los Pokémon restantes (que son los correspondientes a las versiones Rojo Fuego y Verde Hoja), no se podrán atrapar en el juego y sólo los podrás tener si alguien te los transfiere desde otra consola.