Han pasado dos años desde que la Bruja Gruntilda fué atrapada debajo de una roca por Banjo y Kazooie.

Pero ahora ha sido desenterrada por sus hermanas y promete causar mas daño que la última vez.

Para empezar ha lanzando un hechizo que ha destruido la casa de Banjo y reducido a Bottles (el topo que enseña los movimientos en el juego Banjo- Kazooie) a cenizas.

Su plan es utilizar una máquina construída por sus hermanas para absorver la energía de otros seres vivos y recuperar así su cuerpo descompuesto.