La historia se sitúa en una región desconocida de nuestra galaxia, donde tu equipo, llamado Jet Force Gemini, lucha por arrebatar el rayo de la fuerza al malvado Mizar. Este perverso militar emplea su tiempo en destruir el cercano Sistema Solar. Tu misión será impedirlo manejando a tus personajes: Juno, Vela, su fiel mascota Lupus, y Floyd, un pequeño robot volador que se unirá a ti durante el juego. Con ellos tendrás que ignorar a las autoridades galácticas y luchar contra el gran enemigo Mizar.

Jet Force Gemini dispone de quince mundos divididos en tres rutas. Cada miembro del equipo comenzará a jugar por separado, y en una ruta exclusiva para él. La primera misión será llegar al final de la ruta de cada uno de los tres personajes con el fin de reagruparlos. Después ya podrás ir con cualquiera de ellos a la ruta que quieras para afrontar la segunda misión del juego: encontrar los tribals de todas las fases, las doce piezas de la nave de salvamento, y derrotar a Mizar.



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