Con esta opción podremos elegir la fase en la que jugar. Inicialmente sólo podemos elegir 4. El resto irán apareciendo a medida que vayamos encontrando la forma de sacarlos en el modo de 1 jugador.

Fases Iniciales:

SS Anubis, Tawfret, Rith Essa, Cuerpo a Cuerpo.

Fases Ocultas:

Campeón: Esta fase aparece al activar un Tótem de Bonus en el mundo Cerulean.
Localización: Cerulean (cualquiera).

Space Station: Esta fase aparece al activar un Tótem de Bonus en el mundo Spacestation.
Localización: Spacestation (cualquiera).

Mina Rith Essa: Esta fase aparece al activar un Tótem de Bonus en el mundo Walkway.
Localización: Walkway (cualquiera).

Túneles: Esta fase aparece al activar un Tótem de Bonus en el mundo Rith Essa.
Localización: Spacestation (cualquiera).