Cuando tengamos las Seis Llaves Primagen tendremos que dirigirnos al centro de la habitación circular desde donde se llega a todas las fases, The Hub, y una vez allí tendremos que poner todas las llaves en sus lugares correspondientes. Así pasaremos a la Fase Final: la lucha contra Primagen, el enemigo final del juego.

1. Primagen comenzará en una sala de control protegida por un cristal blindado. Tendremos que esquivar las bombas que caen del techo y destruir a las criaturas voladoras que salen de unas trampillas para conseguir que Primagen salga de la habitación.

 

 
2. Cuando este enemigo salga de su refugio tendremos que disparar a unas antenas que tiene en su espalda, por encima de su cabeza. Cada vez que Primagen pierda una antena, veremos que se quedará parado para intentar recuperar algo de energía. Tendremos que aprovechar ese momento para disparar al resto de las antenas, y repetir este proceso varias veces hasta lograr destruirle todas las antenas (son cuatro). Así le quitaremos la primera de las tres barras de energía de que dispone este enemigo.
 

 
3. Primagen volverá a su refugio y de nuevo se pondrá a lanzar bombas y criaturas voladoras. Tendremos que esquivar las bombas y volver a destruir a las criaturas voladoras para conseguir que Primagen salga de la habitación.

4. Ahora deberemos disparar a los brazos que salen del tronco de Primagen, y al igual que antes, cada vez que le destruyamos uno se quedará parado para recuperar energía. Tendremos que aprovechar esos momentos para destruir el resto de brazos, y así le quitaremos la segunda barra de energía.

 
5. Después de esquivar más bombas y destruir criaturas voladoras, Primagen volverá una vez más al suelo. Tendremos que disparar ahora a su cabeza al mismo tiempo que esquivamos sus ataques, especialmente el ataque de ala que puede hacernos cera fuera del suelo, y de esta manera lograremos quitarle la última barra de energía. De esta forma acabaremos con él definitivamente. Cuando acabemos con Primagen pasaremos a ver el final del juego.