La malvada bruja Gruntilda ha raptado a Tooty, la hermana de Banjo, con el fin de usarla en un experimento que la convierta en una bruja joven y bella. Así comienza la historia del oso Banjo y el pájaro Kazooie, en la que juntos iniciarán la búsqueda de Tooty.

En Banjo y Kazooie, todas las Fases requieren un cierto número de Piezas de Puzzle para entrar. Pero también algunas puertas requieren cierto número de Notas Musicales para abrirlas (Puertas de Notas).
Por otro lado, en Banjo y Kazooie tendremos que ir aprendiendo movimientos (Controles) a medida que vayamos completando las diferentes Fases. Además tendremos que distinguir las diferentes habilidades de Banjo y Kazooie, con el fin de usar la que más nos convenga en cada momento.
Objetivos:
    1.    Abrir la entrada a un mundo y entrar en él.
    2.    Aprender los movimientos de Bottle, el topo (Controles).
    3.    Encontrar todos los Items necesarios (Piezas de Puzzle, Notas Musicales, etc.).
    4.    Salir de la fase y comenzar de nuevo el proceso.

Aunque el total del juego sean 100 Piezas de Puzzle y 900 Notas Musicales, con solo 94 Piezas y 810 Notas ya podemos acabarlo.

Para saber cuantos Items tenemos en cada lugar tendremos que hacer una pausa (Start) y allí mirar lo que nos interese.