Nada más arrancar el juego con una partida empezada nos aparece en pantalla un menú con varias opciones:
Continuar: Seguir la partida que habíamos comenzado.
Borrar datos: Si quieres comenzar una partida desde el inicio borrando la partida anterior.
Logros: Puedes leer los archivos que se van almacenando durante tu aventura.
Rescate de amigos: Entra en esta opción para ir al rescate de un equipo en otro juego o para que alguien venga a rescatarte. Puedes conectar los juegos a través de códigos o con la función wireless si tienes dos juegos azules.
Intercambio objetos: Usa este apartado para intercambiar objetos con otros juegos.
Carta Secreta: Mediante códigos puedes recibir cartas especiales.

También pueden aparecer otras dos opciones:
Recibir equipo: Puedes recibir un equipo desde otro juego si usas esta opción. Sólo es compatible con la opción de 2 slot de Nintendo DS. Así que necesitas hacerlo de una versión roja a una azul.
Territorio oculto: Esta opción es parecida al modo guau de Nintendogs. Si la eliges y cierras la consola se quedará en espera de encontrar otra consola con Pokémon mundo misterioso cerca de ti.