Lo primero que debes hacer al comenzar el juego es elegir personaje. Puedes controlar a un chico o una chica.

Después comenzarás tu aventura en un puerto, según bajas de un barco. Dirígete hacia arriba (puedes hablar con varios personajes) hasta que llegues a una caja de madera que se está moviendo. Toca con el lápiz esa caja para que salga un Pokémon escondido bajo ella.

Ahora podrás seguir hacia el norte y tendrás que capturarlo.
Te explican como hacerlo en este mismo momento. Consiste en hacer círculos con el lápiz alrededor del Pokémon que vas a capturar.

Al hacerlo un Pokémon te llevará volando a un nuevo lugar. Aquí acabará la introducción y verás el título del juego junto a una pantalla de presentación.

Justo después, estarás en una nueva localización llamada Villavera. Aquí comenzará realmente tu aventura.
| Misión de iniciación: ¡No temas al fracaso! |
Entra en la casa que hay justo delante de ti y allí habla con todos los personajes que hay. Conocerás a tus compañeros y podrás aceptar la primera misión del juego.

Es una misión de entrenamiento en donde debes encontrar a un Pokémon perdido en el bosque que hay al norte: Selva Lila.

Dirígete hacia allí y rescata a todos los Pokémon. Nada más llegar podrás encontrar a Chikorita y Zigzagoon.
Al cogerlos aparecerá también Taillow y al coger a éste, aparece Mudkip. Cuando captures todos habla con el personaje que te espera a la entrada del bosque. Entonces verás como se queman dos árboles. Ahora te enseñarán a usar los Movimientos de Campo.
Debes usar a Mudkip para que lance un chorro de agua sobre los árboles ardiendo y logre apagarlos.

Al conseguirlo tendrás que regresar a Villavera.