Al elegir esta misión (desde el menú principal) apareces directamente dentro de una base Ranger. No debes hacer nada, sólo hablar con los personajes que hay dentro y al salir de la base irás automáticamente al Túnel Oscuro. Al llegar verás en la entrada a Deoxys. Entra dentro y avanza un poco para encontrarlo de nuevo, estará en su forma de Ataque.

No te resultará muy difícil capturarlo. Debes dar 13 vueltas a su alrededor pero si antes de llegar a él has cogido a Machop, puedes usar su fuerza para reducir ese número a la mitad. Una vez derrotado cambiará su forma y escapará.

A continuación, ve hacia arriba y al pasar la puerta sigue hacia el norte para encontrarlo de nuevo. Ahora estará en su forma de defensa.

Al intentar atraparlo verás que se cubre con una burbuja de energía, no dejes de dar vueltas a su alrededor, ya que cuando la burbuja desaparezca, podrás cogerlo fácilmente con unas pocas vueltas. Ten en cuenta que, además de cubrirse, lanza bolas de energía.

Cuando lo logres volverá a huir, ahora se transformará en su forma de velocidad. Para encontrarlo pasa por la puerta que tienes justo arriba y en la nueva zona ve a la izquierda.
Al pasar por la puerta que hay allí abajo, puedes encontrar a Deoxys en su última forma (si te acercas al río de la izquierda). En esta forma es algo más complicado cogerlo, ya que sólo se queda quieto unos pocos segundos en la pantalla.

Puedes usar una Poké ayuda de agua para crear una burbuja y atraparlo o simplemente esperar a que se pare en el centro de la pantalla y muy rápidamente capturarlo entonces, ya que sólo debes rodearle tres veces.

Cuando consigas derrotarlo, huirá de nuevo. Antes de ir a buscarle por última vez podrás coger un Kirlia que te puede ayudar a atraparle. Para ello sal por el sur, coge un Graveler y regresa al mismo sitio para romper la pared. Allí dentro podrás cogerlo sin problemas.

Después sal de nuevo por el sur, ve hacia la izquierda y entra por la siguiente puerta que hay. Aquí encontrarás a Deoxys y tendrás que capturarlo por cuarta vez.

Ahora Deoxys cambiará su forma constantemente a cualquiera de las tres anteriores. No podrás capturarlo en ninguna de esas formas, debes esperar a que pase al estado normal, pero lo hará pocas veces y poco tiempo.

Cuando cambie a esa forma, usa a Minun para paralizarlo el tiempo suficiente para cogerlo. También puedes lograrlo sin Poké Ayudas, ya que no son muchas vueltas las que debes dar para capturarlo.

Al lograrlo cumplirás la misión. Al regresar a la base te indicarán que una nueva misión Ranger ha aparecido y podrás acceder a ella.
