Cuando entras dentro de un tornado morado o aparece algún gran enemigo entrarás en el modo de combate. El punto de vista cambiará y te encontrarás en la parte inferior de la pantalla junto a los dos Spectrobes que te acompañan (puedes ir sin ninguno pero será difícil resistir un combate sin ellos).

Puedes atacar con Rallen pulsando el botón X (primero con el botón B seleccionas el tipo de arma). Al principio no tendrás armas pero más adelante puedes comprarlas en la tienda de equipamiento que hay en Kollin. Este tipo de ataque es el menos eficaz. Cuando dañarás realmente al enemigo es usando el poder de tus Spectrobes.

Cuanto más nivel tengan serán más poderosos, además debes lograr que vayan creciendo para que aumenten sus estadísticas. Para ello aliméntalos bien en la incubadora.

Para atacar con tus Spectrobes pulsa el botón L o R (para usar al izquierdo o derecho). Cuando el medidor esté lleno puedes pulsar los dos botones a la vez para hacer un súper ataque combinado.

No sólo les quitarás energía a todos sino que además los alejarás de ti momentáneamente de ti. Para poder hacer este ataque debes cambiar de modo con el botón Y (en este modo Rallen no puede atacar).

Más adelante, casi al final del juego conseguirás un extraño objeto llamado Geo. Este artefacto posee el poder de un Spectrobe final.

Pulsando X cuando estás en el modo de combate especial (pulsando el botón Y) puedes activarlo. Sólo funciona una vez por batalla pero podrás usarlo en todos los combates que quieras. Es el ataque más poderoso que puedes hacer, así que te resultará más sencillo vencer con él.

Podrás encontrar hasta siete Geos distintos con diferentes poderes finales.