Aparecen bajo tierra igual que los fósiles y minerocks. Para localizarlos debes examinar el terreno con uno de tus Spectrobes. Algunos de estos cubos son necesarios para poder avanzar en la aventura o para desbloquear opciones ocultas. Pueden aparecer en planetas distintos, en la siguiente lista aparece el primer planeta en donde se puede conseguir cada uno.

Nº |
Nombre |
Localización |
Tema |
1 |
Alfa |
Daichi | Despertar |
2 |
Beta |
Daichi | Prácticas |
3 |
Gamma |
Daichi | Nivel + |
4 |
Delta |
Kollin | Crecer |
5 |
Épsilon |
Genshi | Accesorios |
6 |
Dseta |
Nessa (Cyrus) | Forma crecida |
7 |
Eta |
Genshi | Combate |
8 |
Zeta |
Nessa | Carga |
9 |
Iota |
Ziba | Terreno |
10 |
Kappa |
Ziba | Búsqueda |
11 |
Lambda |
Nessa | Propiedades |
12 |
Mi |
Nessa | Combos |
13 |
Ni |
Nessa | Asociar |
14 |
Xi |
Himuro | Tipos |
15 |
Ómicron |
Himuro | Ayuda |
16 |
Pi |
Nessa | Minerocks especiales |
17 |
Ro |
Ziba | Despertar color |
18 |
Sigma |
Genshi | Modo inalámbrico DS (además lo desbloquea) |
19 |
Tau |
Nessa | CWF de Nintendo (además lo desbloquea) |
20 |
Ípsilon |
Kollin | Entra Tarjetas (además lo desbloquea) |
- |
Cristal Reliquia |
Himuro | Forma Final |
- |
Neo |
Meido | Spectrobes Finales |