Para poder entrar en este modo, lo puedes hacer teniendo solo una tarjeta de The Legend of Zelda: Spirit Tracks o teniendo una tarjeta por cada Nintendo DS. La única diferencia es que si solo tienes una tarjeta de juego, el resto de jugadores tendrán que entrar en "Descarga DS" y por lo tanto tardarás más tiempo en empezar a jugar.
- Configuración con una sola tarjeta.
- Configuración con varias tarjetas.

En el modo Duelo pueden participar de 2 a 4 jugadores simultáneamente y el objetivo será conseguir mas fortianitas que el resto antes de que acabe el tiempo. Puedes elegir entre 6 escenarios diferentes

Las fortianitas irán apareciendo aleatoriamente por el escenario. En el caso de que te toque algún enemigo o de que caigas en alguna trampa, quedarás paralizado durante un tiempo y tus fortianitas caerán al suelo. En ese momento, tus rivales pueden aprovechar para quitártelas.

De vez en cuando, una burbuja aparecerá en el escenario y si la recoges, obtendrás un objeto aleatorio que se usará automáticamente.

Los objetos que pueden aparecer son los siguientes:
- Rayo: Un poderoso rayo fulminará a los rivales cercanos.
- Fosa: Varias fosas aparecerán por el escenario, pero serán invisibles para el resto de jugadores.
- Fortianitas (1/3/6): Cada cierto tiempo, aparecerán fortianitas repartidas aleatoriamente por el escenario.
- Invencibilidad: Los espectros no podrán dañarte durante unos segundos. Además, si golpeas a otros jugadores, harás que se le caigan las fortianitas que hayan conseguido.
Cuando la batalla acabe, se hará un recuento de las fortianitas que ha conseguido cada participante y se mostrará la clasificación con los puntos y victorias conseguidas.

Tras ver la clasificación, tendrás la opción de "Continuar" eligiendo un nuevo escenario o de "Abandonar" el juego.
