El modo comunicación te permitirá desafiar a tus amigos e intercambiar jugadores por medio de la comunicación local de Nintendo 3DS. Para ello, selecciona "Comunicación" en la pantalla del título (dicha opción solo estará disponible después de guardar los avances del juego por primera vez).

Tras elegir la opción de comunicación te aparecerán varias opciones.

- Duelo. Juega partidos con tus amigos mediante la comunicación local.
- Desafío StreetPass. Envía y recibe desafíos por StreetPass.
- Intercambio. Intercambia jugadores de tu equipo del modo historia mediante la comunicación local.
- Descargas con Nintendo Network. Descarga nuevos contenidos.
- Notificaciones: Recibe información nueva de Inazuma Eleven 3.
- Secreto: Esta opción solo aparecerá después de que te enfrentes al Dark Team o al Sky Team (dependiendo de la versión que estés jugando).