Al inicio del juego verás una zona llamada Valle Sombrío sobre la que hay una Luna Oscura.

La luna tiene un efecto pacificador en los fantasmas del valle, pero llegará un momento en el que el Rey Boo la destruirá, causando el caos y haciendo que los fantasmas dejen de tener buena relación con los humanos.

Al romperse la Luna Oscura se dividirá en varios trozos que caerán repartidos por el valle, y todas las zonas quedarán rodeadas de una espesa niebla. Cuando esto ocurra, el profesor Fesor pedirá ayuda a Luigi para recuperar todos los trozos de la Luna y devolver la paz al valle.
El profesor teletransportará a Luigi al búnker donde se encuentra con la ayuda de un transpixelador que ha inventado él mismo. De esta manera, podrá enviar a Luigi a diferentes sitios rápidamente.

En el búnker, el profesor le enseñará a Luigi un trozo de Luna que ha encontrado y, al quitarle el maleficio, logrará que parte de la niebla del valle desaparezca. Así podrás ver la Villa Tenebrosa y podrás entrar en ella.

Para poder ir a las zonas que se van desbloqueando, verás que en el búnker hay tres pantallas. En la pantalla del centro encontrarás las zonas que se van desbloqueando, y podrás elegir una de las misiones de cada mansión para que el profesor te mande hasta ella.


El monitor de la izquierda es para ir a la cámara acorazada, pero no podrás entrar hasta que cumplas la primera misión de la Villa Tenebrosa (Succionaentes 5000).
El monitor de la derecha te llevará a la Torre de los Desafíos, pero no podrás entrar hasta completar cierto número de misiones de la Villa Tenebrosa.
En cada mansión tendrás que realizar varias misiones para que aparezca la prueba final, en la que tendrás que enfrentarte a algún enemigo. Cuando consigas acabar con él, conseguirás un nuevo trozo de la Luna Oscura y se desbloqueará una nueva zona.

Aparte de las misiones normales, debajo de la misión del enemigo final, aparecerá una misión más que en un principio estará bloqueada. Para que se desbloquee, dentro de cada mansión has de encontrar a un fantasma Boo en cada misión.
