Para empezar el juego, debes elegir una de las dos casillas disponibles donde podrás salvar dos partidas diferentes.

Tras elegirla, debes elegir tu mano preferida, es decir, la mano con la que vas a usar el stylus durante las batallas de colosos.

La historia de la cuarta entrega de la popular saga RPG Mario & Luigi comienza con una misteriosa invitación dirigida a la Princesa Peach y toda su corte, para visitar Isla Almohada de parte de su misterioso propietario, el Doctor Modorra.

Durante el viaje, aparecerá un enemigo llamado Pesadillo al que te tendrás que enfrentar.
Como se supone que no sabes cómo luchar, te preguntarán si quieres que te lo expliquen.

Para luchar, has de elegir uno de los iconos que aparecen sobre Mario. En este caso solo podrás elegir el icono del zapato para saltar sobre tu enemigo. Después tendrás que elegir a que enemigo debes atacar, aunque en este caso solo hay uno.
Cuando estés a punto de caer sobre el enemigo, vuelve a pulsar el botón "A" para rebotar otra vez sobre él.

Después el enemigo te atacará lanzándote varios murciélagos. Para esquivarlos, pulsa el botón "A" para saltar por encima de ellos (solo debes saltar sobre los enemigos que vayan a tu altura).

Tras el combate, el dirigible se romperá y caerá sobre la Isla Almohada.

A continuación, tendrás que seguir el camino caminando para llegar a la entrada del castillo.