A medida que Mario y Luigi van eliminando enemigos, subirá su nivel de experiencia y al final de cada combate, verás como la bandera de cada personaje va ascendiendo por el mástil.

Cuando la bandera de uno de los personajes llegar arriba del todo pasará al siguiente nivel. Así será un poco más fuerte

Al subir de nivel, aumentará la Vida, la fuerza del ataque tándem, el ataque, la defensa, la velocidad y el bigote (es la capacidad para tener suerte en un ataque), pero además tendrás la oportunidad de subir uno de estos parámetros un poco más.
Para hacerlo, aparecerá un círculo en el lado derecho que podrás colocar sobre cualquier apartado. Al pulsar el botón "A" aparecerá un numeró en su interior que cambiará rápidamente. Cuando vuelvas a pulsar el botón "A", ese número se parará y el valor que marque se sumará al valor total del apartado sobre el que te has colocado.

Al llegar a ciertos niveles, Mario y Luigi subirán de Rango. Este rango representa lo fuerte que es tu personaje

| RANGOS | |
| Nombre | Nivel al que se consigue |
| Rango Champiñón | Nivel inicial |
| Rango caparazón | Nivel 8 |
| Rango Flor | Nivel 16 |
| Rango Estrella | Nivel 26 |
| Rango Arcoíris | Nivel 40 |
Cuando subes de rango, obtendrás una recompensa que podrás elegir.

Las recompensas que puedes elegir son las siguientes:
- Equipo +1: Te da una casilla de equipo extra. Así podrás equipar más cosas
- Medallas +1: Añade un espacio extra para el efecto de tus medallas.
- Más VIDA: Te concede 2 puntos más de VIDA cada vez que subes de nivel.
- Más ATQ.: Te concede 1 punto ATQ. más cada vez que subes de nivel.
- Más TAN.: Te concede 1 punto TAN. más cada vez que subes de nivel.
- Nivel rápido: Obtienes un 20% más de EXP., lo que facilita subir de nivel.
- Cuerpo férreo: Reduce un 25% el daño que infligen los enemigos.
- Saltador: Aumenta tu poder de salto al 125% de lo normal.
- Cabezamartillo: Aumenta el poder del martillo al 125% de lo normal.
- Contraataque: Aumenta tu poder de contraataque al 150% de lo normal.
- Champi EXP.: Los champiñones te darán también EXP. ¡Subirás enseguida!.
- Super suertudo: Aumenta la potencia de los golpes ¡SUERTE! al 200% del daño normal.
- Tándem tranqui: Los ataques tándem y luiginarios consumen la mitad de puntos TAN. habituales.
- Cura rápida: Dobla la efectividad de los objetos que recuperan VIDA (durante el combate).
Hay un límite para el número de veces que puedes subir de rango, lo que significa que no lograrás todos los bonus disponibles.