New Super Mario Bros 2 está dividido en 9 mundos que a su vez están divididos en varias fases.
En un principio, comenzarás con cinco vidas y solo podrás acceder a la primera fase el mundo 1.
En cada fase tienes que avanzar hasta el final del recorrido, donde encontrarás un mástil o meta final sobre la que tendrás que saltar. De esta manera, te darán por completada la fase y se abrirá el camino que te lleva a la siguiente.
En algunas fases, podrás encontrar dos salidas, es decir, dos metas, una de color negro y otra de color rojo. Cada meta te abrirá un camino diferente en el mapa.

Al saltar sobre la meta final, te darán una puntuación que dependerá de la altura a la que te agarres al mástil, incluso podrás conseguir una vida extra si te agarras por encima del banderín.
En casi todas las fases, te encontrarás otro mástil más pequeño (banderín de etapa) a la mitad del recorrido.

Al atravesarlo, se pondrá de color rojo y tu personaje se hará grande si no lo eras anteriormente. Además, si pierdes la vida en esa fase y vuelves a entrar, empezarás desde ese punto.

El objetivo es completar los nueve mundos de los que se compone el juego eliminando a los enemigos que hay en las torres y en los castillos, aunque realmente el enemigo final del juego se encuentra en el castillo del mundo 6. Después de eliminar a este enemigo verás el final del juego.

Para poder avanzar cuentas con la ayuda de algunos objetos que te darán habilidades especiales.
Estos objetos los encontrarás dentro de bloques amarillos.