A lo largo del juego aparecen varias armas, pero no podrás llevar más de una a la vez..
Las armas pueden tener dos niveles, el nivel 1 que es como las consigues y el nivel 2 que se consigue al darle el arma a un Gran Hada. Además si dejas el botón del arma pulsado, se cargará y su efecto será más potente.
| - ARCO Y FLECHAS: | |
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Se usa para golpear interruptores que estén muy lejos o para atacar a los enemigos a distancia. Nivel 2: Puedes disparar tres flechas seguidas. |
| - BOMBAS: | |
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Se usan para destruir muros agrietados, rocas y enemigos. Nivel 2: Es una bomba más grande y más potente. |
| - BOTAS DE PEGASO: | |
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Se usan para correr muy rápido y para chocarte contra los arboles y conseguir objetos. Nivel 2: Puedes correr por encima de los agujeros del suelo. |
| - BUMERÁN: | |
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Paraliza a los enemigos y coge objetos a los que tú no puedes llegar. Nivel 2: Alcanza más distancia y es más rápido. |
| - CETRO DE FUEGO: | |
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Dispara bolas de fuego y si dejas el botón de este arma pulsado lanza una llama de fuego. Se usa para encender pebeteros, quemar hierba y destruir enemigos. Nivel 2: Crea bloques al usarlo la primera vez, y la segunda los hace explotar. |
| - LÁMPARA: | |
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Crea un círculo de luz alrededor de Link en las cuevas que están a oscuras y también se usa para encender pebeteros. Nivel 2: No hay ninguna diferencia con el nivel 1. |
| - MARTILLO MÁGICO: | |
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Principalmente se usa para destruir a unos enemigos que están dentro de unos cuadrados en el suelo, aunque sirve para golpear a cualquier enemigo. Nivel 2: Crea grandes ondas que aturden a los enemigos. |
| - PALA: | |
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Para cavar en el suelo y encontrar objetos enterrados. Nivel 2: Indica con un sonido cuando hay algún objeto o agujero oculto. |
| - PLUMA DE ROC: | |
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Úsala para saltar los agujeros que hay en el suelo. Pulsa el botón "B" en el aire para caer en picado con la espada. Nivel 2: Da un segundo salto cuando Link está en el aire. |
| - TIRACHINAS: | |
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Lanza rocas con las que se pueden activar interruptores, romper vasijas o destruir enemigos. Nivel 2: Dispara en tres direcciones a la vez. |