Cómo conseguirlo
Una vez conseguido el Lanzallamas en el Depósito de almacenamiento A, regresa a la Cantera Principal y sube a la parte alta de la estancia para encontrar una puerta blanca al norte, al otro lado de un precipicio. Ve hasta allí usando el Rayo Enganche en el punto de enganche de una grúa, y así podrás atravesarla.

NOTA. Si anteriormente te hiciste con la vigesimoctava Expansión de Misiles aquí, la grúa no estará colocada en su sitio, por lo que tendrás que escanear unos monitores que hay dentro de una cabina acristalada para colocarla en su lugar y poder usar su punto de enganche.

En la siguiente sala (Tratamiento de residuos) deberás hacerte Morfosfera y atravesar unos acuarios aprovechando las corrientes ascendentes y rebotando en tus Bombas. De esa manera regresarás a una sala ya conocida: Procesamiento del mineral.

Una vez allí, salta por la izquierda para entrar por la puerta blanca que hay un poco más abajo (oeste), y luego continúa avanzando por un camino ya conocido hasta llegar a una sala llamada Dinamo Central, el lugar donde encontraste las Bombas de Energía (en Acceso a la dinamo serás atacado por un Pirata Élite).
En esa zona serás atacado por varios piratas espaciales de color blanco. Derrótales usando el Rayo de Hielo y luego sal de allí por la puerta blanca que hay al norte, la cual estará bloqueada por unos escombros que deberás eliminar con una Bomba de Energía.

Atraviesa la siguiente habitación (Acceso A a la cuarentena) normalmente o bajo el suelo acristalado como Morfosfera (para evitar unas torretas de defensa) y en la próxima sala (Cuarentena de Metroides A), escanea unos ordenadores para desactivar un campo de fuerza anaranjado.

Al hacerlo, liberarás unos cuantos Metroides que darán cuenta de todos los piratas espaciales de la habitación, y de ti también si no andas con cuidado. Acaba con ellos disparándoles con el Rayo de Hielo primero y el Lanzamisiles después (si te atrapan, hazte Morfosfera y pon una Bomba) y después avanza a través del campo recién desactivado.
Un poco más adelante encontrarás una zona sin suelo, llena de un mineral azul llamado Phazon. Usa el Visor de Rayos X para ver unas plataformas invisibles móviles, y salta sobre ellas para superar dicha zona.

Después vuelve a usar dicho visor para alcanzar unos raíles magnéticos, y usa la Aracnosfera para alcanzar la puerta blanca que hay al norte de la estancia (antes de salir podrás hacerte con la cuadragésima Expansión de Misiles).
Luego supera la siguiente estancia abriendo la puerta roja del final con el Rayo de Plasma y así podrás usar el Ascensor B para bajar al nivel tres de Minas de Phazon.
Una vez en esa parte de Minas de Phazon, ve hasta un lugar llamado Sala de hongos A, y atraviesa dicha sala saltando por encima de unas grandes setas y usando el Rayo Enganche en un punto de enganche que tiene una criatura voladora.

En la próxima estancia (Minería de Phazon) deberás hacerte Morfosfera y usar Bombas de Energía para abrir el camino.
De esa manera podrás acceder a la Sala de hongos B, un lugar donde tendrás que usar el Visor de Infrarrojos para ver en la oscuridad.

Allí avanza evitando a los Metroides que te van a atacar hasta encontrar otra criatura voladora con un punto de enganche a la que te podrás agarrar con el Rayo Enganche. Usándolo podrás alcanzar la puerta roja que hay al sur (el este hay otra puerta que te llevará a una Estación de Misiles en la que podrás restablecer todos tus misiles, y antes de salir podrás hacerte con la cuadragesimoprimera Expansión de Misiles).

En la siguiente habitación (Acceso B a la cuarentena) encontrarás a unos enemigos invisibles. Usa el Visor de Rayos X y el Rayo de Ondas para eliminarles y poder atravesar la sala, y así podrás acceder a Cuarentena de Metroides B (allí encontrarás unos piratas espaciales que solo podrás eliminar con el Rayo de Plasma).
Avanza por dicha habitación usando la Aracnosfera en raíles magnéticos y el Rayo Enganche en un punto de enganche, y de esta forma podrás llegar al oeste de la estancia, lugar donde verás el camino bloqueado por un campo de energía anaranjado.

Desactiva dicho campo escaneando un ordenador que hay al lado, y luego elimina a los enemigos que van a atacarte. Cuando termines entra por una puerta roja que hay más arriba, al oeste, para poder seguir la aventura (al sur hay otra puerta que te llevará a una Estación de Guardado).
En la siguiente sala tendrás que usar el Rayo de Plasma para derretir una zona de hielo que hay en el techo. Así podrás acceder al Cuartel Élite, lugar donde deberás enfrentarte a un gran enemigo llamado Pirata Omega.

Octavo enemigo: Pirata Omega
Para vencerle debes disparar Supermisiles o Rayos de Plasma recargados a las zonas de color azul brillante que tiene en sus hombros y rodillas. Debes hacerlo preferiblemente cuando tengas los brazos bajados para que no absorba tus disparos.

Mientras, deberás esquiva sus ataques saltando y moviéndote a su alrededor. Además, girando es como encontrarás el mejor ángulo de tiro para dañar sus puntos débiles.
Después de destruir sus cuatro puntos débiles tendrás que usar el Visor de Rayos X para ver el corazón de tu enemigo.

Dispárale allí varios Supermisiles, y así lograrás vencerlo definitivamente, pero tendrás que hacerlo rápido si no quieres que regenere sus puntos débiles y tengas que volver a empezar.
Tras vencer al Pirata Omega obtendrás un Crédito Naranja
y se te caerá encima, contaminándote de Phazon y transformando tu traje en el Traje Phazon, un traje que te permitirá pasar por zonas con altas concentraciones de dicho mineral.

Tras obtener el Traje Phazon tendrás que ir a por los Artefactos Chozo que te queden por coger: Recién Nacido, Espíritu, Ancianos y Sol.
Una vez reunidos los doce, tendrás que dirigirte al Templo de los Artefactos, y enfrentarte a Meta Ridley, aunque antes de eso podrás dedicarte a encontrar todos los objetos que te queden por recoger, es decir, los dos últimos Tanques de Energía, las dos últimas Expansiones de Bombas de Energía y las siete últimas Expansiones de Misiles.