- Modo Difícil. Acaba el juego de manera normal y al iniciar una partida nueva tendrás la opción de elegir el nivel de dificultad "Veterana" o "Hipermodo".

Galerías. Existen seis galerías diferentes en las que puedes ver gráficos y dibujos del juego (tienes que tener activada al menos una de ellas para que esta opción aparezca en el Menú Principal).

· La primera galería aparece al lograr el 40% de los escaneos del Banco de Datos.
· La segunda al alcanzar el 60% de los escaneos del Banco de Datos.
· La tercera al tener el 80% de los escaneos del Banco de Datos.
· La cuarta al conseguir el 100% de los escaneos del Banco de Datos.
· La quinta al acabar el juego de forma normal.
· La sexta al acabar el juego en nivel difícil.
Finales del Juego. El final del juego siempre será más o menos igual. La única diferencia es que puedes ver dos escenas extra dependiendo del porcentaje de objetos que hayas encontrado.
Si obtienes el 75% o más verás a Samus fuera del traje justo antes de montarse en su nave para salir del planeta Éter.

Si obtienes el 100% de los ítems verás una especie de constelación en el espacio con la forma de Samus Oscura. Esto ocurrirá al final del todo, después de perder de vista a la nave de Samus tras despegar de Éter.

Secretos de Multijugador. A medida que vayas avanzando en el juego irás consiguiendo nuevos escenarios y músicas para el modo multijugador.
MÚSICAS |
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| Templo | Al hablar con U-Mos la primera vez. |
| Piratas | Al hablar con U-Mos tras restaurar la energía del Templo de Agón. |
| Ciénagas | Al hablar con U-Mos tras restaurar la energía del Templo de Torvus. |
| Santuario | Al hablar con U-Mos tras restaurar la energía del Templo del Santuario. |
| Ecos | Al acabar el juego de manera normal. |
| Poseídos | Al acabar el juego de manera normal. |
ESCENARIOS |
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| Gaseoducto | Al hablar con U-Mos tras restaurar la energía del Templo de Torvus. |
| Agujas | Al hablar con U-Mos tras restaurar la energía del Templo del Santuario. |