Trauma Center: New Blood consta de 7 capítulos principales (40 misiones), 6 misiones extra (llamadas "X"), y 4 misiones del Modo Desafío. Para acceder a todas ellas debes ir completando en orden los diferentes capítulos.

Al principio del juego, tendrás que pasar dos tutoriales en los que te enseñarán las técnicas básicas para comenzar a operar. Más adelante te darán otras dos clases con consejos más avanzados.

Durante el desarrollo, tendrás que realizar diferentes tipos de operaciones en diferentes condiciones y no siempre los pacientes serán humanos.

Si no consigues completar alguna operación no perderás los avances conseguidos hasta llegar ahí, ya que el juego graba el juego automáticamente al finalizar una operación.
Al completar determinados capítulos, aparecerá un desafío (hay cuatro en total) en los que tendrás que realizar varias operaciones seguidas en un tiempo limitado.

Cuando completes los siete capítulos principales, aparecerán las "Misiones X". Estas 6 misiones consisten en realizar operaciones en las que aparecen los seis tipos de estigmas. Sólo podrás jugarlas en el nivel más difícil (dificultad Extrema) y puedes completarlas con cualquiera de los dos cirujanos.
