Trauma Center consta de 6 capítulos principales, uno alternativo (llamado "Z") y 7 misiones extra (llamadas "X"). Para acceder a todas ellas debes ir completando en orden los diferentes capítulos.

Los capítulos van siguiendo una historia, hay varios en los que sólo avanza esta historia y no tienes que participar activamente. En los capítulos que tengas que participar tendrás que realizar algún tipo de operación.
Las operaciones pueden ser de varios tipos, normalmente tendrás que curar a un paciente, pero a veces debes eliminar a un Guilt (un tipo de virus muy peligroso) o la operación es a vida o muerte y no tendrás apenas tiempo para reaccionar, o incluso, tendrás que desactivar una bomba.

Si no consigues completar alguna operación no perderás los avances conseguidos hasta llegar ahí, pero tendrás que repetir el último capítulo desde el comienzo.
Al completar una determinada fase en cada capítulo, aparece una misión de un capítulo alternativo llamado "Z". Puedes jugar a estos capítulos cuando quieras o seguir avanzando por los capítulos normales. Para acceder al capítulo 6 tendrás que completar los cinco primeros capítulos y este capítulo Z enteros.

Además, si completas el capítulo 6 aparecerán las misiones X. Estas 7 misiones consisten en repetir los capítulos en los que aparecían los Guilt con algunas variaciones. Sólo podrás jugarlas en el nivel más dificil y puedes completarlas con dos personajes diferentes.
