Después de explorar el Astillero deberás dirigirte hacia el noroeste del Mar de arena de Lanayru, al punto marcado en el mapa por una cruz roja.

Durante el trayecto deberás evitar barriles explosivos que flotan en el agua y enemigos, aunque también podrás hacer uso del cañón para desembarazarte de ellos.

Cuando llegues a tu destino encontrarás un embarcadero en el cual podrás bajarte del barco. Así llegarás a una nueva zona llamada Escondrijo pirata, lugar donde encontrarás la estatua del pelícaro "Escondrijo pirata".

Una vez aquí deberás dirigirte hacia el noreste y atravesar una puerta que verás al final para acceder al interior del escondrijo, lugar donde hallarás un pedestal vacío diseñado para sostener un cronolito (roca azul).

Luego avanza por el único camino posible y tras atravesar unas cuentas habitaciones encontrarás una roca azul que podrás coger con las manos, ya que se estará metida en una especie de urna que lo hará portátil.

Tras coger la roca, avanza con ella en brazos hasta llegar a una sala en la que deberás terminar con un beamos para poder seguir avanzando.

En la estancia siguiente verás un cofre frente a ti (este) con 100 rupias. Para poder abrirlo no te acerques a él llevando la roca azul en brazos o de lo contrario aparecerán unos rayos en la puerta que te impedirán el paso.

La sala siguiente tendrás que atravesarla llevando la roca azul en brazos para hacer surgir unas plataformas del suelo a medida que vayas avanzando.

En la próxima habitación verás unas rejas y un pasillo a su izquierda por el no podrás pasar llevando la roca en brazos porque aparecerán unos rayos que te lo impedirán. Deja la roca en el suelo, atraviesa el pasillo y agárrate a un tirador que encontrarás después para abrir las rejas y poder recuperar la roca.

Más adelante llegarás a otra estancia en la que aparecerán plataformas a medida que avances (en la esquina suroeste habrá un cofre con un tesoro).
En la siguiente habitación encontrarás una puerta cerrada por rejas en la pared oeste, mientras que su esquina suroeste hallarás un botón en el suelo sobre el que tendrás que poner una caja metálica que hay al lado para abrir las rejas. Antes de entrar en la zona donde está el botón, deja la roca en el suelo y después púlsalo.

Entonces aparecerán otras rejas por donde has entrado, pero si has dejado la roca fuera podrás salir por la izquierda, andar por encima de un pequeño tramo de arenas y recuperar la roca. Así podrás salir por la puerta del este con la roca en brazos.
En la sala siguiente encontrarás dos puertas: de frente (oeste) o izquierda (sur). Dirígete a esta última y deja la roca en la esquina noroeste de la habitación.

Luego vuelve a la sala anterior y después entra en la del oeste, lugar donde encontrarás un tirador que abrirá las rejas que separan ambas habitaciones. Así podrás recuperar la roca (allí encontrarás un cofre con un tesoro).

Finalmente, acerca la roca a la puerta del sur para "despertar" a dos armos y termina con ellos para poder salir por la puerta y regresar al pedestal vacío que viste al entrar aquí.

Luego coloca la roca azul en dicho pedestal y de esa manera modificarás las instalaciones del escondrijo pirata.

Regresa ahora al exterior del escondrijo y una vez fuera podrás ver que hay muchas probabilidades de que las velas que hay por allí provengan del galeón que alberga la Llama de Nayru. Eso hará que Fay actualice tu rastreador para que puedas buscarlo.

Finalmente, habla con el almirante para volver a zarpar en su barco y ve en busca del galeón.