Después de ver la introducción del juego podrás elegir un Yoshi del color que prefieras y dirigirte a la primera región.
Dentro de cada región encontrarás una o más fases y debes superarla para poder pasar a la siguiente. Al completar todas las fases de una región podrás pasar a la siguiente donde repetirás el mismo proceso para avanzar.
A veces la fase consistirá en un duelo contra un enemigo final. Tendrás que derrotarlo para completar dicha fase. En cada fase irás consiguiendo Flores sonrientes, las cuales te permitirán avanzar por el mapa general.
El objetivo del juego es conseguir las joyas que han desaparecido de la isla de los Yoshi. Las irás consiguiendo al derrotar a los enemigos finales que encuentras en las regiones.
En cada región vas a encontrar bolas sorpresa que te proporcionarán divertidos atuendos para cubrir a tu personaje y también a un dicharachero personaje llamado Cartúñez, el cual te hará encargos que debes encontrar por las fases (las manualidades), para recibir flores sonrientes como recompensa.
Cada fase se puede jugar de dos maneras diferentes; de forma normal donde encontrarás las flores sonrientes o al revés (a partir de que encuentras a Poochy en la Región Dinámica) donde tendrás que encontrar a 3 Poochitos en un tiempo límite.
Puedes completar una fase para seguir avanzando aunque no hayas conseguido todas las flores sonrientes en ella, más adelante puedes jugar de nuevo todas las veces que quieras para conseguirlas todas.
La Región Secreta solo está disponible después de ver los títulos de crédito finales. En el momento en qué aparece también puedes localizar al Nene Cartúñez en cada fase y conseguir más Flores sonrientes derrotando a los enemigos finales cumpliendo unos requisitos determinados. Necesitas conseguirlas todos y encontrar al nene para conseguir todos los atuendos.
A continuación tienes un enlace a cada región donde podrás ver todo el desarrollo tanto del anverso como del reverso de cada fase.