Cuando vuelvas al búnker después de la segunda misión, el profesor te dará una llave para que puedas colocar de nuevo las aspas en la puerta de entrada al "Árbol hueco" (el profesor le indicará cono usar la llave para colocar las aspas y ajustarlas).

| Coloca las aspas del molino |
El transpixelador te dejará de nuevo en la "Entrada a las torres", lugar donde verás que la puerta por la que debes continuar está bloqueada por una planta carnívora.
A la derecha de la puerta también verás una tubería que tiene un trapo en el extremo que impedirá que salga el agua.
Aspira el trapo para que fluya el agua y a continuación coge el cubo que está un poco más a la izquierda y llénalo.

A continuación, riega las dos plantas que están a la izquierda de la tubería (poniéndote a su lado y pulsando el botón "X") y crecerán una flor morada grande y un pequeño arbusto del que brotará una bola de pinchos.
Suelta el cubo, aspira la bola de pinchos y al ponerte delante de la planta carnívora aparecerá un punto de mira. Pulsa el botón "L" para lanzarle la bola de pinchos y así conseguirás eliminarla.

Cuando la puerta esté libre podrás llegar al "Patio", lugar donde tendrás que capturar a cuatro fantasmas: tres de color rojo y uno de color verde. Después de hacerlo, acércate a la puerta del aspa y pulsa el botón "X" a su lado para comenzar a repararla con las piezas que recuperaste anteriormente.

| Encuentra el pasadizo misterioso |
Cuando las aspas estén colocadas en la puerta deberás aspirarlas para que giren rápidamente y abrir la puerta, dándote acceso al "Árbol hueco" (para entrar en el árbol tendrás que ponerte delante y pulsar el botón "X").
Dentro del árbol tendrás que subir por tres tramos de escaleras laterales para llegar hasta arriba del todo. Como en cada altura hay dos escaleras, podrás coger cualquiera de ellas, pero si no es la correcta, aparecerá un fantasma y tendrás que capturarlo para poder seguir avanzando.

Cuando llegues arriba del todo encontrarás una gran telaraña que tiene una bola de telaraña en el centro. Aspira la bola y acércala a una de las velas de los lados para que arda y así el fuego se propagará haciendo que la gran telaraña también arda.

Cuando la gran telaraña arda, intenta pasar el interior, pero el camino se volverá a bloquear y recibirás una llamada del profesor.
Ahora te informará de que hay una llave especial que abre esa puerta, pero está oculta en la cripta.
| Busca una llave especial en la cripta |
Ahora tendrás que bajar, pero las escaleras laterales estarán bloqueadas. Para lograrlo, aspira la bola de telaraña que ha aparecido colgando en el centro de esta zona y Luigi la usará para descender hasta la parte inferior.

Una vez abajo, encontrarás otra gran telaraña que tapona el camino del fondo y en el suelo encontrarás varias bolas de telaraña.
Aspira una de estas bolas y préndela con la antorcha que está en el centro del agua. Para prenderla tendrás que pulsar el botón "X" para elevar la bola y no debes dejar de pulsarlo hasta llegar a la gran telaraña o la bola se hundirá en el agua y se apagará.

Métete por la puerta que estaba tras la telaraña y accederás a la "Raíz del árbol". Luego desciende por el camino de la izquierda y al final encontrarás una pequeña sala en la que hay una pared cubierta de setas y una raíz verde que cuelga del techo. Si tiras de la raíz, caerán arañas. Lo que tienes que hacer, es aspirar la zona donde están las setas para arrancarla, ya que se trata de una tela decorada.

Cuando la arranques, verás que detrás de esa tela hay otra raíz verde. Tira de ella y aparecerá un pequeño ascensor en la pared del fondo que te lleva hasta el "cementerio".
En el lado derecho del cementerio encontrarás un ataúd que está en el interior de un mausoleo. Si aspiras las velas para apagarlas aparecerá un fantasma de color amarillo.
Avanza por el camino que te lleva hasta la puerta del fondo y métete por ella para llegar a la "Cripta".

Dentro de la cripta verás una bola de telaraña que cuelga de la pared del fondo. Tira varias veces de esa bola y la pared se hundirá, dejando a la vista una pequeña sala que hay detrás. En la pared del fondo de esa sala verás un cuadro con un Toad dibujado. Usa el desoscurizador sobre el cuadro y el Toad cobrará vida y saldrá del cuadro.


Seguidamente recibirás una llamada del profesor e intentará devolveros al búnker, pero no podrá hacerlo con los dos a la vez.
Lo que tendrás que hacer es ir al "Laboratorio oculto"
para usar la pantalla de transpixelado que hay en él.
| Envía a Toad al búnker |
Al salir de la cripta aparecerán tres señoras fantasmas y tendrás que capturarlas para poder seguir avanzando (el nombre de estos fantasmas es las Tres Hermanas). Para deslumbrarlas tendrás que esperar a que aparten el espejo que llevan delante de su cara y cuando las estés aspirando, debes moverte rápidamente para evitar que te golpeen las otras dos fantasmas acompañantes.

Si usas la estrobombilla cuando están protegidas con el espejo se lanzarán a por ti y te golpearán. Y si pierdes mucha energía, podrás eliminar a los murciélagos que aparecen de vez en cuando para que te den corazones.
Cuando las hayas eliminado tendrás que ir al lado derecho del cementerio, pero verás que Toad no quiere cruzar la zona de agua (si Toad no te sigue hasta esa zona, tendrás que acercarte a él de nuevo para que te siga).
Para poder pasar has de aspirarle para que Luigi lo lleve colgando de la Succionaentes 5000.

Cuando llegues al lado derecho, lánzalo sobre el ataúd para que se hunda un poco y después pon a Luigi también sobre el ataúd para que se hunda completamente. Así llegarás a la "Alcantarilla" del sótano (-1).

Cuando estés en la alcantarilla, sal por la puerta que está en el lado derecho para llegar al "Laboratorio oculto".
* Nota: Si aspiras la cortina de setas del lado izquierdo y abres el ataúd que está de pie, te transportará a una zona donde tendrás que coger varias monedas antes de que acabe el tiempo. Si lo consigues, te darán lingotes de oro.
Cuando estés en el laboratorio vuelve a coger a Toad para cruzar la zona de agua y llévalo hasta el lado izquierdo.

Cuando estés al lado del transpixelador, pulsa el botón "X" y mandarás a Toad al búnker. Seguidamente recibirás otra llamada del profesor para llevar también a Luigi.