| Control Stick. Mueve el cursor y al personaje que controles. | |
| C-Stick. Mueve tu grupo de Pikmin (los puedes dirigir en cualquier dirección alrededor del Capitán Olimar). | |
| Control Pad. Usa los sprays. Arriba el spray superamargo y abajo el superpicante. Si tienes agarrado un Pikmin con el botón A, pulsa derecha o izquierda para cambiar el color del Pikmin que has agarrado. |
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| Botón A. Saca los Pikmin de la tierra y lanza a los Pikmin hacia donde apunte el cursor. Si no tienes Pikmin das un puñetazo. | |
| Botón B. Usas el silbato para llamar a tus Pikmin y que se reúnan contigo. | |
| Botón L. Sitúa la cámara detrás de tu personaje. | |
| Botón R. Hace un zoom sobre la pantalla de juego (tiene tres niveles). | |
| Botón Z. Cambia el ángulo de visión. Vista lateral (la normal) o cenital (desde arriba). | |
| Botón X. Separa tu grupo de Pikmin por colores y los deja inactivos. | |
| Botón Y. Cambia el control del personaje. | |
| Start. Pausa el juego. |