| Control Stick. Mueve a tu personaje por el terreno. | |
| Botón Z. Sitúa la cámara detrás de tu personaje. | |
| Botón C. Separa tu grupo de Pikmin por colores y los deja inactivos. | |
| Control Pad. Cambia el ángulo de visión. Vista lateral (la normal) o cenital (desde arriba). | |
| Control Pad. Hace un zoom sobre la pantalla de juego (tiene tres niveles). | |
| Control Pad. Mueve tu grupo de Pikmin hacia donde apuntes con el puntero. | |
| Botón A. Saca los Pikmin de las cebollas, de la tierra y lanza a los Pikmin hacia donde apuntes con el puntero. Si mientras mantienes pulsado A pulsas el botón B, podrás cambiar el tipo de Pikmin que va justo detrás de ti. |
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| Botón B. Llama a tus Pikmin para que se reúnan contigo. Si mientras mantienes pulsado A pulsas el botón B, podrás cambiar el tipo de Pikmin que va justo detrás de ti. |
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| Botón 1. Si tienes el spray superamargo, lo usarás (para paralizar enemigos). | |
| Botón 2. Si tienes el spray superpicante, lo usarás (para fortalecer a tu tropa de Pikmin). | |
| Botón (+). Muestra la pantalla de información de tu personaje. Podrás ver el mapa de la zona en la que te encuentres y el número de Pikmin que tienes. | |
| Botón (-). Cambia el control a otro personaje |