Estos son todos los Pokémon que pueden aparecer como ayudantes durante un combate (al coger y lanzar una Poké Ball). Solo hay tres de ellos que tienes que desbloquear para que aparezcan, ya que el resto lo puede hacer en cualquier momento de manera aleatoria.
No debes confundir estos Pokémon que pueden aparecer durante una batalla con los trofeos de Pokémon que también puedes conseguir en el juego.

| Pokémon | Cómo se desbloquea |
| Abomasnow | Desde el inicio. |
| Arceus | Desde el inicio. |
| Bellossom | Desde el inicio. |
| Chespin | Desde el inicio. |
| Darkrai | Desde el inicio. |
| Dedenne | Desde el inicio. |
| Deoxys | Desde el inicio. |
| Eevee | Desde el inicio. |
| Electrode | Desde el inicio. |
| Entei | Desde el inicio. |
| Fennekin | Desde el inicio. |
| Fletchling | Desde el inicio. |
| Gardevoir | Desde el inicio. |
| Genesect | Desde el inicio. |
| Giratina | Desde el inicio. |
| Gogoat | Desde el inicio. |
| Goldeen | Desde el inicio. |
| Inkay | Desde el inicio. |
| Keldeo | Desde el inicio. |
| Kyogre | Desde el inicio. |
| Kyurem | Desde el inicio. |
| Latias y Latios | Desde el inicio. |
| Lugia | Desde el inicio. |
| Meloetta | Completa el modo Leyendas de la lucha en modo Individual en nivel normal o difícil con este personaje: Lucario (desafío 75). |
| Meowth | Desde el inicio. |
| Metagross | Desde el inicio. |
| Mew | Desde el inicio. |
| Moltres | Desde el inicio. |
| Oshawott | Desde el inicio. |
| Palkia | Desde el inicio. |
| Snivy | Desde el inicio. |
| Snorlax | Desde el inicio. |
| Spewpa | Desde el inicio. |
| Staryu | Desde el inicio. |
| Suicune | Desde el inicio. |
| Swirlix | Desde el inicio. |
| Togepi | Desde el inicio. |
| Victini | Completa el modo Leyendas de la lucha (desafío 140). |
| Xerneas | Destruye 200 bloques en una sola partida del modo para un jugador de Cazatesoros con este personaje: Pikachu (desafío 79). |
| Zoroark | Desde el inicio. |