El juego comienza con el capitán Charlie en una zona nevada llamada Páramo Blanco (Mapa del Páramo Blanco).

Tras tomar el control del capitán se desbloqueará el apunte de exploración "Moverse" aunque todavía no cuentes con la opción "apuntes". Avanza hasta llegar a una lata sobre la que hay varios Pikmin amarillos, y cuando se acerquen a ti, apunta hacia ellos con
y toca el silbato con
para llamarlos y que empiecen a seguirte .

Luego pulsa
varias veces hasta lanzar a diez de esos Pikmin, y entonces empezarán a golpear unas setas, cosa que te hará pensar que tal vez puedan servirte de ayuda (se desbloquearán los apuntes de exploración "Silbato" y "Lanzar").

Una vez hayas aprendido los controles básicos, te aparecerán en la zona inferior de la pantalla dos indicadores: el del estado de tu traje espacial (tu salud) y el de la cantidad de Pikmin que hay en superficie y que te siguen. Explora la zona para hacerte con unos cuantos Pikmin más (llamándoles con el silbato) y luego lanza a unos cuantos hacia unas setas que bloquean el camino del fondo.

Tras superar esa barrera de setas podrás empezar a mirar a tu alrededor con
y mirar hacia lo que estás apuntando con
. Luego sigue avanzando y más adelante deberás hacer lo mismo de antes para desbloquear un camino bloqueado por unas setas más grandes (a la izquierda hay un camino bloqueado por un cristal con el que de momento no puedes hacer nada).

Después continúa avanzando hasta encontrar una cueva en la que deberás entrar, lugar donde hallarás a unos cuantos enemigos luminiscentes. Lanza a tus Pikmin contra ellos para derrotarlos y encender unas luces, y así terminarás con esta parte de la historia y podrás pasar a ver lo que le ocurre a Alph.

