Durante del juego encontrarás un gran número de misiones secundarias, minijuegos y pruebas heroicas al margen de las misiones principales.

Las misiones secundarias no son necesarias para avanzar en la historia principal, pero sí son recomendables de hacer debido a sus interesantes recompensas y a que te permitirán sumergirte todavía más en la aventura explorando más a fondo las tierras de Hyrule.

Las pruebas heroicas son misiones necesarias para descubrir algún santuario. Necesitarás completarlas para lograr que aparezca uno o simplemente para poder entrar en él.

Los minijuegos son pruebas que te proponen diferentes personajes del juego, pero que no tienen un objetivo determinado. Puedes repetirlos tantas veces quieras y como recompensa conseguirás rupias (de más cantidad según el resultado que hayas tenido en ellos).

Por último, en cada zona puedes descubrir multitud de secretos y curiosidades, para saber todo lo que puedes hacer en cada zona mira el apartado de misiones opcionales y curiosidades de cada región.