
En este juego el Control Pad (la cruz de control) no tiene utilidad. Para manejar a nuestro personaje lo haremos con el Control Stick (joystick analógico).
Las funciones de los distintos botones son las siguientes:
| Pausa (al hacer pausa entramos en el inventario) | |
| Tiene varios usos (coger objetos, hablar, subir, bajar, etc) | |
| Empuñar la espada y atacar. | |
| Punteria Z (Z Targeting): para situar la cámara detrás de nuestro personaje, y para seleccionar objetivos. | |
| Dentro de las mazmorras lo pulsaremos para que aparezca o desaparezca el mapa. | |
| Cubrirnos con el escudo. | |
| Hablar con Navy (el hada) cuando lo indique en pantalla y para poder mirar con vista subjetiva. | |
| Para usar uno de los objetos o armas del apartado de Items (antes lo habremos asignado a este botón), y para tocar la ocarina. | |
| Para mover a nuestro personaje. |