En un principio sólo podremos llevar hasta 99 Rupias. Para poder llevar más rupias tendremos que encontrar algunas Gold Skulltula (Arañas Doradas). Con diez arañas nos darán una bolsa con la que podremos llevar hasta 200 rupias y con treinta arañas nos darán una bolsa mayor con la que podremos llevar hasta 500 rupias (500 es el máximo que podemos llevar).
Las rupias pueden ser de varios colores y cada una tiene un valor:
| Rupia Verde: | Vale por 1 rupia |
| Rupia Azul: | Vale por 5 rupias |
| Rupia Roja: | Vale por 20 rupias |
| Rupia Morada | Vale por 50 rupias |
| Rupia Dorada: | Vale por 200 rupias |