La Pokédex es una especie de agenda electrónica en la que quedará registrada la información de todos los Pokémon que te encuentres, así que el objetivo será encontrar a todos los Pokémon del juego con el fin de tener la Pokédex completa.
Inicialmente estará en Modo Sinnoh, con lo que sólo reconocerá a los Pokémon que aparecen en estas ediciones (Perla y Diamante). Pero una vez que derrotes al alto mando y seas el Campeón de la Liga Pokémon, podrás actualizarla y ponerla en Modo Nacional, lo que te permitirá reconocer Pokémon de cualquier versión existente. A partir de aquí podrás encontrar Pokémon salvajes de ediciones anteriores y en el Parque Compi podrás pasar Pokémon de tus antiguos cartuchos.
En dicha Pokédex Nacional están incluidos todos los Pokémon de la Pokédex de Sinnoh aunque han cambiado de número.