En Fire Emblem Echoes podrás moverte por el mapa general siguiendo los caminos predefinidos. Si te encuentras con algún enemigo en el camino pasarás al modo de combate, donde tu ejército se enfrentará al enemigo en una batalla por turnos.


Al llegar a las localizaciones puedes encontrar dos tipos distintos; las aldeas donde podrás hablar con gente o examinar el lugar en busca de objetos y las mazmorras donde pasarás al modo de exploración y controlarás a tu personaje en 3D pudiéndote mover con libertad. Si te encuentras con enemigos en este modo también pasarás al modo de combate.


Según avanzas por las localizaciones, derrotando enemigos vas a ir completando la historia. Esta se encuentra dividida en 6 capítulos y en varios de ellos seguirás las aventuras de dos grupos distintos por diferentes lugares del mapa general, hasta volver a unirlos al final de la aventura. Estos son los capítulos que vas a encontrar. En cada capítulo hay unos combates determinados, pero pueden aparecer batallas aleatorias con enemigos que hay en el mapa general, aparte de los combates derivados de la exploración en el modo de 3D.
| Prólogo: Alm y Celica |
| Capítulo 1: Rumbo a Zofia |
| Capítulo 2: Peregrinaje |
| Capítulo 3: Libertadores |
| Capítulo 4: Tierra de tragedia |
| Capítulo 5: Juntos hasta el final |
| Capítulo 6 |
Aparte de las misiones principales (que básicamente consisten en avanzar derrotando a cada enemigo que te impida avanzar) podrás encontrar numerosos personajes que te pedirán que les ayudes con misiones secundarias. Si lo haces podrás conseguir valiosas recompensas para tus personajes. Estas misiones siempre consisten en entregar a un personaje uno o varios objetos determinados.
| Misión secundaria | Personaje | Lugar | Objetivo | Recompensa |
| El sumiller | Sitibundo | Villamardán | Vino de Mardán | Queso azul + 100 puntos de Fama |
| Obseso del queso | Quesófilo | Castillo de Zofia (capítulo 2) | Queso agujeros Queso azul Queso pegaso |
Miel Jarabe curativo Especia + 300 puntos de Fama |
| La hora de la merienda | Tabernera | Puerto de Zofia | Harina, Miel o jalea real y mantequilla. | Galleta de miel |
| Cecina divina | Fan del pescado | Aldea montañesa | Pez escudo | Queso pegaso + 100 puntos de Fama |
| En un brete por el filete | Cocinero | Puerto de Zofia (capítulo 3) | Filete de dragón | Especia + 200 puntos de Fama |
| El elixir de los dioses | Gran hechicero | Aldea Sabia | Jarabe curativo, Oreja gárgola, Aceite óseo y Musgo Duma | Nectar |
| En busca de las piezas perdidas | Devota inquieta | Priorato | Encuentra las 9 piezas. | Ambrosía + 300 puntos de Fama |
| De huesos, o sea, óseo | Guardia de la esclusa | Esclusa | Aceite óseo | 10 piezas de plata (la primera vez), Sopa, Vino de Mardán, Jarabe curativo, Miel, Galleta de miel, Fruta de la vida (una vez) o Escama dragón (una vez). |
| El coral es fundamental | Alessio | Puerto de Zofia (antes del capítulo 4). | 5 trozos de coral | 10 piezas de plata por cada una, 200 puntos de Fama al completarlo. |
| Como anillo al dedo | Alessio | Fortaleza de Desaix (después de completar "El coral es fundamental") | 30 piezas de plata | Anillo coral + 200 puntos de Fama |
| El mercader de la muerte | Alessio | Fuerte de Grieth (después de completar "Como anillo al dedo” y antes del ataque al último bastión. | 5 lanzas de acero | 50 piezas de plata por cada una, 300 puntos de Fama al completarlo. |
| Licor secreto | Tabernero | Gran puerto de Novis | 3 Hierba de maná | Jarabe curativo |
| El escudo indestructible | Herrero | Pueblo de Rigel | 4 Escamas de dragón | Escudo dragón |
| El conocimiento lo es todo | Investigador | Castillo de Zofia | Brazalete Lima | 30 piezas de plata + 100 puntos de Fama |
| Un suculento manjar | Investigador | Pueblo de Rigel | Yogur, Musgo Duma y Naranja | Ambrosía |
| Fervorosa pero patosa | Devota patosa | Templo de Mila | Bandeja de plata | Nectar + 100 puntos de Fama |
| En paz descansen | Ermitaño raro | Castillo de Zofia (después de completar "Fervorosa pero patosa"). | Derrota a los enemigos del Cuartel de los Libertadores. | Escudo real + 300 puntos de Fama |
| El precio del pecado | Mujer enojada | Villamardán | Derrota a 20 Bandidos. | Fruta de la vida + 100 puntos de Fama |
| ¡Pobres almas condenadas! | Ermitaño triste | Priorato | Derrota a 20 Lich en el Cementerio de Novis. | Queso agujeros + 100 puntos de Fama |
| Las orejas, entre ceja y ceja | Curandero | Aldea Sabia | 3 orejas de gárgolas | Anillo grimorio + 100 puntos de Fama |
| La herencia de los Rion | Señor de Rion | Castillo de Zofia (a partir del capítulo 3) | Escudo de Rion (lo encuentras en el Fuerte del desierto y lo tienes que enviar a través del mercader ambulante). | Queso de pegaso + 300 puntos de Fama |
| La herencia de los Fugue | Señor de Fugue | Puerto de Zofia (a partir del capítulo 3) | Escudo de Fugue (en el Fuerte de Grieth). | Manzana de oro + 300 puntos de Fama |
| Prisionera de las gárgolas | Hombre | Aldea del bosque | Rescata a su hija en el Santuario Silvano. | Lanza bendita + 200 puntos de Fama |
| Tras los pasos del mercader | Mercadera | Aldea del bosque | Lee la inscripción en el Santuario Silvano y después libera a su marido de la Morada de Nuibaba. |
Talla de Mila + 200 puntos de Fama |
| El hijo perdido | Señora apenada | Aldea montañesa | Diario del hijo (en el Santuario del Dragón). | 50 piezas de plata + 100 puntos de Fama |
| El padre extraviado | Joven viajero | Fuerte del desierto | Derrota al Lich en el Cementerio montañés. | Tricornio rojo |
| Un pequeño capricho | Jovencita | Aldea del bosque (después de completar "El padre extraviado") | Talla de oso, Trozo de coral, Perla negra, Muñeca, Queso agujeros o Galleta de miel. | Restos de pan, Queso azul, Yogur, Fruta de la vida (una sola vez), Pieza pequeña (una sola vez), Cecina o 10 piezas de plata. |
| Jarabe milagroso | Mujer afligida | Templo de Mila | Jarabe curativo | 30 piezas de plata + 100 puntos de Fama |
| El leñador sin hacha | Leñador | Aldea montañesa | Hacha, hacha de leñador o Hacha demoníaca. | Talla de oso |
| La talla robada | Leñador | Aldea montañesa (tras desbloquear “El leñador sin hacha”). | Talla de Duma (en el Cementerio montañés). | Talla de Duma |
| El pescador famélico | Famélico | Santuario marino | Salchicha, Jamón, Cecina o Carne cruda | 10 piezas de plata + 100 puntos de Fama |
| Un sedal sin igual | Pescador hábil | Puerto de Zofia (después de completar "El pescador famélico"). | Hilo dragontino | Filete de dragón |
| Nuevos horizontes | Extranjero | Puerto de Zofia (después del capítulo 6) | Escóltalo a Puerto de Furia. | 3 piezas de oro + 500 puntos de Fama |