Hay dos tipos de magia, la negra y la blanca. La primera es la que crea hechizos para atacar dañando a las unidades y la segunda es la que crea hechizos para neutralizar a un enemigo, curar a un aliado u otro tipo de efecto sin causar daño a la unidad.


| Magia Negra | PV | Daño | Peso | Alcance | Golpe | Descripción | Personajes que lo aprenden |
| Fuego | 1 | 3 | 3 | 1 - 2 | 80 | Magia de fuego ordinaria. | Cualquier mago. |
| Trueno | 2 | 4 | 5 | 1 - 3 | 70 | Magia de trueno que golpea a distancia. | Gray, Kliff, Luthier, Celica, Mae, Boey, Jesse, Sonya, Nomah, Conrad. |
| Ragnarok | 10 | 20 | 14 | 1 - 2 | 95 | Magia suprema capaz de calcinar al enemigo. | Delthea, Celica. |
| Ángeles | 4 | 7 | 4 | 1 - 2 | 90 | Potente magia muy eficaz contra las aberraciones. | All Saints, Delthea, Faye, Celica, May, Saber. |
| Excalibur | 3 | 5 | 1 | 1 - 2 | 95 | Magia de viento que suele asestar golpes críticos. Crítico +20. |
Tobin, Kliff, Luthier, Celica, Boey, Kamui, Jesse, Sonya, Nomah, Conrad. |
| Sagittae | 8 | 16 | 11 | 1 - 3 | 70 | Flechas de luz que golpean a gran distancia. | Gray, Kliff, Luthier, Faye, Boey, Atlas, Deen, Nomah, Conrad. |
| Aura | 6 | 12 | 8 | 1 - 2 | 80 | Magia poderosa cuya luz abruma al enemigo. | Kliff, Delthea, Mae, Rigain. |
| Miasma | 1 | 3 | 3 | 1 - 2 | 80 | Magia ponzoñosa. | Enemigos. |
| Ciénaga | 2 | 10 | 6 | 1 - 3 | 70 | Ataque infligido por un ente repulsivo. | Enemigos. |
| Agonía | 5 | 14 | 9 | 1 - 3 | 70 | Magia funesta. | Enemigos. |
| Medusa | 7 | 0 | 11 | 1 - 5 | 70 | Reduce PV a 1 o elimina a quien tiene 1 solo PV. | Enemigos. |
| Rayo óptico | 0 | 10 | 8 | 1 - 5 | 55 | Magia del Dragón Caído. | Duma. |
| Mirada mortal | 0 | 10 | 10 | 1 - 5 | 80 | Magia del Dragón Caído que paraliza al enemigo. | Duma. |
| Apocalipsis | 12 | 30 | 0 | 0 | 0 | Magia devastadora. | Enemigos. |
| Turbulencia | - | - | - | - | - | Magia de tierra. Golpea a todos los enemigos. | - |
| Nosferatu | 0 | - | 2 | 1-2 | 60 | Potente magia que drena PV de los enemigos. | Cualquier clérigo. |
| Trueno | 0 | 3 | 0 | 1 - 2 | 80 | Magia que golpea al enemigo con un rayo. | Daraen (amiibo). |


Nota: At. es el ataque del personaje que usa la magia.
| Magia Blanca | PV | Recup. | Alcance | Golpe | Descripción | Personajes que lo aprenden |
| Recuperar | 1 | 8 | 1 | - | Devuelve PV a un aliado adyacente. | Todos los clérigos, sabios y sacerdotisas excepto Tatiana. |
| Sanar | 3 | 6 | 1 - At | - | Devuelve PV a un aliado distante. | Tobin, Tatiana, Faye, Genny, Saber. |
| Transportar | 8 | - | 1 | - | Mueve de sitio a un aliado contiguo en un radio del At/2. | Silque, Tatiana. |
| Teletransportar | 5 | - | 1 | - | Envía a quien lo usa cerca de un aliado. | Delthea, Sonya. |
| Rescatar | 6 | - | 1 - At/2 | - | Acerca a un aliado distante al usuario. | Faye, Atlas. |
| Redoble | 24 | - | 1 | - | Permite a un aliado actuar de nuevo. | Faye |
| Atrapar | 12 | - | 1 - At/4 | 70 | Acerca un enemigo distante al usuario. | Sonya |
| Congelar | 11 | - | 1 - At/4 | 70 | Impide al enemigo moverse durante 1 turno. | Faye, Kamui. |
| Silenciar | 10 | - | 1 - At/4 | 70 | Impide al enemigo usar magia durante 1 turno. | Mae, Deen. |
| Expeler | 14 | - | 1 - At/2 | 65 | Abate aberraciones en su radio de acción. | Silque, Genny. |
| Fortalecer | 12 | 6 | 1 - At/2 | - | Devuelve PV a aliados en su radio de acción. | Tatiana |
| Conjurar | 12 | - | 1 | - | Invoca guerreros ilusorios. (Máximo 8) | Silque |
| Conjurar AJ | 12 | - | 2 - 3 | - | Invoca guerreros ilusorios. (Máximo 8) | Silque |
| Conjurar CB | 12 | - | 3 - 4 | - | Invoca guerreros ilusorios. (Máximo 8) | Tatiana |
| Conjurar S | 12 | - | 4 - 6 | - | Invoca guerreros ilusorios. (Máximo 8) | Genny |
| Invocar | 1 | - | 1 | - | Invoca seres pérfidos surgidos del averno. | Enemigos. |
| Invocar L | 1 | - | 3 - 5 | - | Permite invocar aberraciones. | Enemigos. |
| Invocar E | 2 | - | 3 - 5 | - | Permite invocar aberraciones. | Enemigos. |
| Invocar G | 4 | - | 3 - 5 | - | Permite invocar aberraciones. | Enemigos. |
| Invocar N | 6 | - | 2 - 3 | - | Permite invocar aberraciones. | Enemigos. |
| Invocar B | 0 | - | 2 - 3 | - | Permite invocar aberraciones. | Enemigos. |
| Invocar Ó | 0 | - | 2 - 3 | - | Permite invocar aberraciones. | Enemigos. |