Hay algunos Yo-kai que evolucionan al llegar a cierto nivel y se convierten en un Yo-kai más fuerte.


Los Yo- kai que pueden evolucionar son los siguientes.
| YO-KAI QUE EVOLUCIONAN | ||
| Yo-kai | Nivel | Evoluciona en |
| 001. Alcaldero | 18 | 002. Sinná |
| 004. Katano | 20 | 005. Katananái |
| 007. Milimpiano | 19 | 008. Samulimpio |
| 009. Dormileón | 28 | 010. León Alfa |
| 017. Cortarroz | 31 | 018. Socarrat |
| 044. Yopaso | 15 | 045. Puf |
| 047. Komemo | 20 | 048. Komecasa |
| 053. Cotilleja | 22 | 054. Marulleja |
| 059. Losiento | 30 | 060. Domiplof |
| 061. Niebli | 27 | 062. Nébula |
| 092. Nihablar | 29 | 093. Impás |
| 095. Rebelcebú | 26 | 096. Caporrista |
| 105. Rayael | 29 | 106. Cazarayos |
| 127. Ningarra | 21 | 128. Habilgarra |
| 139. Kappandante | 32 | 140. Kappadachín |
| 142. Komasan | 25 | 143. Komaleón |
| 144. Komajiro | 35 | 145. Komatigrado |
| 146. Baku | 29 | 147. Somnia |
| 163. Cimbrón | 17 | 164. Algacabana |
| 167. Abuzampa | 22 | 168. Gargazampa |
| 176. Nomedá | 28 | 177. Paupermán |
| 179. Nomi | 28 | 180. Gran Nomi |
| 211. Negatisquito | 17 | 212. Deprisquito |
| 214. Nomevén | 24 | 215. Nostoy |
| 223. Prestragón | 27 | 224. Bolsadrón |
| 246. Goto | 25 | 247. Sirimiri |
| 248. Copo | 25 | 249. Ventisquero |
| 251. Cartepollo | 23 | 252. Mirlobirlo |
| 259. Cantonio | 22 | 260. Multiniche |
| 262. Peluco | 28 | 263. Foliculio |
| 285. Noko | 25 | 286. Florinoko |
| 288. Malmet | 29 | 289. Agorerana |
| 293. Pezqueroso | 27 | 294. Pezgativo |
| 298. Mosquereta | 26 | 299. Bronquereta |
También hay ciertos Yo-kai que se pueden fusionar entre sí para conseguir uno nuevo.
Para realizar la fusión, tienes que hablar con el monje que está en el interior del Templo Shoten de Cumbres Floreadas. Al hablar con él te dirá que puedes fusionar dos Yo-kai, dos objetos, o un objeto con un Yo-kai.


Si seleccionas que quieres hacer una fusión, verás que en la pantalla táctil aparecen todos los Yo-kai y todos los objetos que has conseguido hasta el momento (puedes mostrarlos todos, o puedes verlos por separado pulsando los botones "L" o "R" para pasar de una pestaña a otra).
En esta misma pantalla podrás pulsar el botón "Y" para ver las fórmulas de las fusiones que has realizado hasta el momento.


Los Yo-kai que se pueden fusionar son los siguientes.
| YO-KAI QUE SE PUEDEN FUSIONAR | ||
| Yo-kai 1 | Yo-kai 2 | Se fusionan en |
| 019. Yelmandante | 098. Lorigón | 020. Juntollero |
| 053. Cotilleja | 051. Algazara | 054. Marulleja |
| 069. Telespejo | 075. Trilépata | 070. Trielespejo |
| 014. Mochimacho | 085. Tentelento | 086. Tentemacho |
| 088. Quierodeso | 268. Batallitos | 089. Gambulloso |
| 090. Indiligencio | 101. Globtundente | 091. Tanquivocado |
| 102. Inquielifante | 103. Perselefante | 104. Mamuguanto |
| 110. Castelius III | 110. Castelius III | 111. Castelius II |
| 111. Castelius II | 111. Castelius II | 112. Castelius I |
| 124. Deslumbrella | 056. Cupístolo | 125. Rechinella |
| 151. Pufipatitas | 170. Níscala | 171. Curaníscala |
| 174. Sombrillo | 108. Montaña Loca | 175. Sombrillogro |
| 181. Enerposa | 182. Eneposa | 183. Mejorposa |
| 189. Felisonte | 265. Negatalia | 190. Reversa |
| 207. Envelo | 220. Enciélago | 208. Cafeíno |
| 209. Acelgo | 024. Flamileón | 210. Morenaso |
| 220. Enciélago | 229. Tengulecto | 221. Caseriélago |
Hay otros casos en los que podrás fusionar un Yo-kai con un objeto.
Los objetos que se pueden fusionar entre sí son los siguientes.