A continuación te mostramos todos los jefes a los que te enfrentarás a lo largo de la aventura secuencialmente.
| E.M.M.I.-01P (Artaria) |

Paso 2. Destruye al E.M.M.I.-01P
| E.M.M.I.-02SM (Artaria) |

Paso 7. Destruye al E.M.M.I.-02SM para obtener el aracnoimán
| Corpius (Artaria) |

Paso 8. Derrota a Corpius para obtener el camuflaje espectral
| E.M.M.I.-03MB (Cataris) |

Paso 15. Destruye al E.M.M.I.-03MB para obtener la Morfosfera
| Kraid (Cataris) |

Paso 17. Derrota a Kraid y obtén el rayo difusor
| E.M.M.I.-04SB (Dairon) |

Paso 24. Destruye al E.M.M.I.-04SB para obtener la aceleración
| Robosoldado Chozo (Ferenia) |

Paso 27. Encuentra al E.M.M.I.-06WB y a Manto Silente, y derrota a un robosoldado Chozo
| Drogyga (Burenia) |

Paso 30. Descarga el mapa de Burenia, derrota a Drogyga y accede a Ghavoran
| Robosoldado Chozo (Ghavoran) |

Paso 31. Derrota a un robosoldado Chozo y recibe el noveno informe de Adam
| Robosoldado Chozo (Elun) |

Paso 34. Derrota a un soldado Chozo y regresa a Ghavoran
| Robosoldado Chozo (Ghavoran) |

Paso 37. Derrota a un soldado Chozo
| E.M.M.I.-05IM (Ghavoran) |

Destruye al E.M.M.I.-05IM para obtener el misil de hielo
| Escue (Ferenia) |

Paso 41. Descarga el mapa de Ferenia y derrota a Escue para obtener el multimisil
| Pareja de robosoldado Chozo (Ferenia) |

Paso 42. Derrota a dos robosoldados Chozo y obtén el salto espacial
| Soldado Chozo (Artaria) |

Paso 46. Derrota a un soldado Chozo y recibe el decimotercer informe de Adam
| Experimento Z-57 (Cataris) |

Paso 48. Derrota al experimento Z-57 para que el planeta recupere su temperatura normal
| Pareja de robosoldado Chozo (Burenia) |

Paso 50. Vuelve a Burenia, recibe el decimocuarto informe de Adam y derrota a dos robosoldados Chozo
| Golzuna (Ghavoran) |

Paso 51. Regresa a Ghavoran y derrota a Golzuna para obtener la bomba en cruz
| E.M.M.I.-06WB (Ferenia) |

Paso 54. Destruye al E.M.M.I.-O6WB para obtener el rayo de ondas
| Soldado Chozo (Hanubia) |

Paso 56. Derrota a un soldado Chozo y destruye al E.M.M.I.-O7PB para obtener la bomba de energía
| E.M.M.I.-07PB (Hanubia) |

Paso 56. Derrota a un soldado Chozo y destruye al E.M.M.I.-O7PB para obtener la bomba de energía
| Soldado Chozo de élite (Hanubia) |

Paso 57. Recibe el decimosexto informe de Adam y derrota al soldado Chozo de élite
| Pico de Cuervo (Itorash) |

Paso 58. Accede a Itorash y derrota a Pico de Cuervo
| Pico de Cuervo X (Hanubia) |

Paso 59. Derrota a Pico de Cuervo X en Hanubia