A medida que explores el planeta, encontrarás puertas bloqueadas, salientes fuera de tu alcance y zonas demasiado peligrosas en las que Samus no puede adentrarse. Al obtener potenciadores y mejoras, no solo superarás dichos obstáculos, sino que también descubrirás nuevas rutas y atajos.
| Inicio |
| - Encuentro con un enemigo misterioso |
| Cataris |
| - Paso 10. Recibe el cuarto informe de Adam |
| - Paso 11. Encuentra al E.M.M.I.-03MB y recibe el quinto informe de Adam |
| - Paso 12. Descarga el mapa de Cataris y accede a Dairon |
| Dairon |
| - Paso 13. Obtén el rayo ancho |
| - Paso 14. Encuentra al E.M.M.I.-04SB y regresa a Cataris |
| Cataris |
| - Paso 15. Destruye al E.M.M.I.-03MB para obtener la Morfosfera |
| Artaria |
| - Paso 16. Regresa a Artaria y obtén el traje climático |
| Cataris |
| - Paso 17. Derrota a Kraid y obtén el rayo difusor |
| Dairon |
| - Paso 18. Regresa a Dairon y recibe el sexto informe de Adam |
| - Paso 19. Descarga el mapa de Dairon y obtén la bomba |
| - Paso 20. Accede a Burenia |
| Burenia |
| - Paso 21. Recibe el séptimo informe de Adam |
| - Paso 22. Obtén el impulso súbito |
| - Paso 23. Regresa a Dairon |
| Dairon |
| - Paso 24. Destruye al E.M.M.I.-04SB para obtener la aceleración |
| Artaria |
| - Paso 25. Regresa a Artaria y obtén el rayo enganche |
| - Paso 26. Accede a Ferenia |
| Ferenia |
| - Paso 27. Encuentra al E.M.M.I.-06WB y a Manto Silente, y derrota a un robosoldado Chozo |
| Dairon |
| - Paso 28. Regresa a Dairon y recibe el octavo informe de Adam |
| - Paso 29. Vuelve a Burenia |
| Burenia |
| - Paso 30. Descarga el mapa de Burenia, derrota a Drogyga y accede a Ghavoran |
| Ghavoran |
| - Paso 31. Derrota a un robosoldado Chozo y recibe el noveno informe de Adam |
| - Paso 32. Obtén el supermisil y accede a Elun |
| Elun |
| - Paso 33. Obtén el rayo de plasma |
| - Paso 34. Derrota a un soldado Chozo y regresa a Ghavoran |
| Burenia |
| - Paso 44. Obtén el traje gravitatorio |
| - Paso 45. Recibe el duodécimo informe de Adam y regresa a Artaria |
| Artaria |
| - Paso 46. Derrota a un soldado Chozo y recibe el decimotercer informe de Adam |
| - Paso 47. Regresa a Cataris |
| Cataris |
| - Paso 48. Derrota al experimento Z-57 para que el planeta recupere su temperatura normal |
| Artaria |
| - Paso 49. Regresa a Artaria y obtén el ataque espiral |
| Burenia |
| - Paso 50. Vuelve a Burenia, recibe el decimocuarto informe de Adam y derrota a dos robosoldados Chozo |
| Ghavoran |
| - Paso 51. Regresa a Ghavoran y derrota a Golzuna para obtener la bomba en cruz |
| - Paso 52. Accede a Hanubia |
| Hanubia |
| - Paso 53. Recibe el decimoquinto informe de Adam y regresa a Ferenia |
| Ferenia |
| - Paso 54. Destruye al E.M.M.I.-O6WB para obtener el rayo de ondas |
| - Paso 55. Regresa a Hanubia |
| Hanubia |
| - Paso 56. Derrota a un soldado Chozo y destruye al E.M.M.I.-O7PB para obtener la bomba de energía |
| - Paso 57. Recibe el decimosexto informe de Adam y derrota al soldado Chozo de élite |
| Itorash |
| - Paso 58. Accede a Itorash y derrota a Pico de Cuervo |
| - Paso 59. Derrota a Pico de Cuervo X en Hanubia |