Al comenzar el juego tendrás que ajustar el brillo moviendo la palanca de control hacia la izquierda o derecha, lo ideal es que el dibujo de la izquierda se vea levemente. No te preocupes si ves al empezar la aventura que deberías haberlo ajustado mejor, ya que podrás cambiarlo en cualquier momento del juego desde el menú de opciones. Después selecciona el archivo donde vas a guardar tu partida de entre los tres disponibles.


A continuación verás una introducción donde se resumen los hechos acontecidos en Metroid Fusion. Ahora se ha detectado una presencia del parásito X que se creía extinguido en el planeta ZDR, tras el fracaso de la misión en donde se la federación envió a 7 robots y se perdió la comunicación con ello, Samus debe viajar allí y acabar con tal amenaza.


Sin embargo, al llegar al planeta recibe un inesperado recibimiento por parte de un extraño personaje que le hace perder las habilidades de su traje. Comienzas la aventura solo con la posibilidad de apuntar y disparar tu rayo (o misiles), aparte de poder correr, saltar y deslizarte.

