En el diario se irá anotando automáticamente todo lo que va ocurriendo a lo largo de la aventura.

Después de las primera cinco páginas del diario de Layton, hay 5 apartados con sus propias páginas que corresponden a las nuevas zonas que aparecen en el juego y a las que puedes viajar en el dirigible.

Al completar el cuarto episodio pasarán a formar parte del diario completo.