El juego comienza cuando nuestros protagonistas (el profesor Layton, su fiel aprendiz Luke y la bella Emmy) montan en un dirigible para dirigirse a casa del arqueólogo Desmond Sycamor.
El motivo de haber sido invitados por el famoso arqueólogo, es que afirma haber encontrado una momia viviente.

Una vez que lleguéis al destino, el mayordomo del arqueólogo os propondrá el primer puzle (Puzle 001).
Una vez resuelto recibirás los primeros" Picarats" (realmente es la puntuación del juego, los recibirás por completar los puzles y conseguirás la máxima puntuación si no usas pistas ni fallas en la solución).
También aparece la lista de puzles, donde se añadirá el puzle que has completado. A partir de ahora podrás jugar con él siempre que quieras.
En este momento verás una nueva animación de vídeo.
Así llegas a un pequeño pueblo que se encuentra cubierto de nieve.

Aquí recibirás tu primer misterio (La momia). Recibirás información sobre él y podrás verla en el apartado correspondiente.

Después podrás grabar la partida y terminará el prólogo. Ahora entrarás en el episodio 1.