| Controles por movimiento |
Star Fox 64 3D te da la posibilidad de controlar tu nave por medio del sensor de movimiento interno de la consola. Para ello debes elegirlo antes de comenzar una partida cuando te pregunten.
Tendrás que girar la consola hacia un lado para mover la nave en esa dirección y levantar la consola o bajarla para ascender o descender.

Si en algún momento el control de movimiento no funciona correctamente, coloca la consola en una posición neutra y pulsa brevemente el botón B. Así se recalibrará automáticamente y funcionará sin problemas.

Si has elegido el control por movimiento también podrás combinarlo con el botón deslizante. Así no te resultará tan complicado en determinados momentos del juego.

| Controles y movimientos especiales de los vehículos |
| Airwing |
Aparte de la configuración de botones, escojas el tipo de control que escojas, podrás determinar si se invierte el eje o no.


Puedes cambiar el tipo de control durante una misión, pulsa el botón de Start para hacer pausa y poder elegir la opción de controles.
Girar y esquivar: Con los botones L y R puedes poner tu nave en vertical o moverte rápidamente si vas hacia un lado. Si los pulsas repetidamente harás giros que pueden repeler los disparos enemigos.
Rizo: Pulsa a la vez Arriba y el botón de turbo (acelera mientras vas hacia arriba). También puedes realizarlo pulsando la cruz arriba.
Cambio de sentido: Pulsa a la vez arriba y el botón de freno (frena mientras vas hacia arriba). También puedes pulsar la cruz hacia abajo. Sólo puedes hacerlo en Modo Abierto.
Cambio de cámara: Pulsa la cruz hacia la derecha.
| Blue- Marine |
Sólo tendrás que manejar esta nave en una ocasión (Aquas). La diferencia más notable con respecto al Airwing, es que es mucho más lenta y que los torpedos (que sustituyen a las bombas) son infinitos. Tampoco podrás perder las alas, ya que el no tiene.

| Landmaster |
Hay dos misiones donde puedes manejar a este vehículo terrestre, Titania y Macbeth.
Pulsando los botones L y R a la vez te elevarás del suelo durante unos segundos. No podrás poner el vehículo en vertical pero sí rodar pulsando repetidamente uno de esos botones.
