Tras acabar el Día 2 ¿Dónde está Brittany? (Vergel de la Esperanza), podrás volver a acceder al mapa principal para elegir destino. Aunque ahora ya podrás volver a aterrizar en el Bosque de la Vida, lo mejor es que regreses al Vergel de la Esperanza (Mapa) para investigar una extraña señal.

Cuando aterrices en el Vergel de la Esperanza con Alph y Brittany, también lo hará la cebolla roja y gris que se fusionó al término del día anterior. Eso permitirá que los dos tipos de Pikmin que te acompañan compartan la misma cebolla sin necesidad de que cada uno tenga la suya propia.


Al norte de la cebolla verás un muro de cristal que deberás romper usando tus Pikmin pétreos, y al hacerlo recibirás una misteriosa señal en tu KopRadar.

Tras el muro encontrarás una zona con agua, cuatro archivos de datos con los apuntes de exploración "Pikmin rojos 1", "Pikmin pétreos 3", "Fijar objetivo" y "Sapo gigante amarillo", y dos nuevos tipos de enemigos. Derrota a los sapos gigantes amarillos con Pikmin pétreos, ya que no se ven afectados por pisotones, y a los verracos dragón con Pikmin rojos, ya que son inmunes al fuego que lanzan.


Después derriba un muro de barro que hay al este y luego entra en la cueva que hay detrás para acceder a una nueva zona del mapa.

Allí verás una fruta verde en una zona elevada bajo la que habrá dos plataformas unidas por una cuerda y unas poleas. Para poder coger la fruta deberás lanzar Pikmin a una de las plataformas para hacerla bajar y luego lanzar sobre ella a tu compañero.

Después lanza un mínimo de 5 Pikmin a la zona elevada que hay entre las dos plataformas y varios más a la otra plataforma para hacer que la de tu compañero se eleve.

Finalmente, pulsa el botón
para pasar a controlar al explorador de la plataforma y luego utiliza los Pikmin que lanzó anteriormente el explorador de abajo para poder coger la fruta: un entusiasmo verde.

A mano derecha de esa zona verás una puerta electrificada, pero como todavía no podrás atravesarla, regresa a la zona anterior, donde los sapos gigantes amarillos y verracos dragón.
Al norte de dicha zona verás una flecha en el suelo desde la que deberás lanzar a tu compañero para hacerle cruzar un río. Luego deberás lanzarle unos 20 Pikmin o más (algunos deberán ser Pikmin pétreos) y después deberás tomar su control pulsando
.

Tras el río encontrarás 29 fragmentos a mano izquierda (sudoeste) y otros 20 encerrados en un cuarzo grande que hay a mano derecha (nordeste). Utilízalos todos para construir un puente y así podrás volver a reunir a los dos exploradores (los Pikmin pétreos eran necesarios para destruir el cuarzo).

Una vez construido el puente deberás derribar un muro de barro que hay detrás, al norte, y luego tendrás que avanzar hacia una cueva que hay al fondo del todo.


De camino a la cueva encontrarás un archivo de datos con el apunte de exploración "El diario de Olimar 3", y luego tendrás que seguir avanzando hasta meterte en la cueva del final, lugar donde deberás enfrentarte a un enemigo colosal.

Puesto que esta clase de enemigos son complicados y requieren tiempo, es mejor dejarlo para el día siguiente, dejándolo todo preparado para dicho enfrentamiento.