Después de completar la zona de Regenstein en el pasado (Paso 4), aparecerá una zona llamada El Refugio en el presente.
Dentro de esta zona solo encontrarás a una chica llamada Renata que te hablará sobre un monstruo reformado que conoció en uno de sus viajes. Te comentará que ese personaje que ahora es un poeta amante del pescado comenzó su vida como limo.


El objetivo es encontrar a varias personas que anteriormente eran monstruos para que vuelvan al Refugio. De esta manera, el pueblo prosperará y se crearán tiendas y un casino.
Después de recibir la pista de Renata, debes ir en busca del personaje al que se refiere. Se trata de Flemrique el trovador y lo encontrarás en el puerto de Bahía Boquerón.
Cuando hables con Flemrique te preguntarán si quieres hablarle de Renata. Contesta que "Sí"
y Flemrique se marchará para volver al Refugio y vivir allí.


Si hablas con Flemrique cuando esté en El Refugio, te dirá que te hables de nuevo con Renata para que te dé un regalo de su parte. Habla con Renata y te dará una bolsa que contiene un Fragmento de piedra o tablilla (Bosque de Arbolimo) que podrás colocar en el pedestal que está cerca de los árboles que están al noroeste de esta misma zona. Después, Renata te pedirá que si encuentras a más exmonstruos les hables de ella para que vuelvan a El Refugio (contesta que "Sí").
A partir de ahora, cada vez que hables con Renata, te dará la opción de "Ver residentes" o de "Echar a un residente". Si eliges Ver residentes, podrás seleccionarlos para ver dónde los has encontrado y que fragmento o tablilla te han regalado.


A partir de ahora podrás buscar al resto de exmonstruos.
Cada vez que un exmonstruo vuelva a El Refugio deberías hablar con él para que te dé su fragmento y para que te dé la pista del lugar donde puedes encontrar el siguiente exmonstruo.
Los exmonstruos que puedes encontrar son los siguientes:
| INICIALMENTE | |
| 01 |
- Personaje: Flemrique. - Exmonstruo: Limo. - Localización: Bahía Boquerón. En el muelle del puerto. - Fragmento de recompensa: Bosque del Arbolimo. - Condición para que aparezca: Después de que aparezca el Refugio (Paso 4). |
| 02 |
- Personaje: Berengario. - Exmonstruo: Berenjeno. - Localización: Estarda. En la primera planta de la posada. - Fragmento de recompensa: Berenjenal. - Condición para que aparezca: Después de que Flemrique vaya al Refugio. |
| 03 |
- Personaje: Flora. - Exmonstruo: Pavifloro. - Localización: Valdemouriño. En la primera planta casa central. - Fragmento de recompensa: La Florida. - Condición para que aparezca: Después de que Flemrique vaya al Refugio. |
| PRIMER CRECIMIENTO DE LA CIUDAD | |
| 04 |
- Personaje: Golón. - Exmonstruo: Bebégola. - Localización: Valdeascuas. En el interior de la taberna que está en una de las casas del lado derecho. - Fragmento de recompensa: Montemaldito. - Condición para que aparezca: Faraday Completo (Paso 6). |
| 05 |
- Personaje: Áxel. - Exmonstruo: Hachasino. - Localización: Ática. Dentro de la posada. - Fragmento de recompensa: Bajos Hornos. - Condición para que aparezca: Jardines de Xochitlayocán Completo (Paso 7). |
| 06 |
- Personaje: Draque. - Exmonstruo: Dracolimo. - Localización: La Bravoure. Dentro de la posada. - Fragmento de recompensa: Volcán Viscoso. - Condición para que aparezca: Abadía Vocationis completa (Paso 9). |
| 07 |
- Personaje: Bombi. - Exmonstruo: Globombillo. - Localización: Reposo del Peregrino. En la barra del casino que está dentro del pozo. - Fragmento de recompensa: Zepelinia. - Condición para que aparezca: Abadía Vocationis completa (Paso 9). |
| SEGUNDO CRECIMIENTO DE LA CIUDAD | |
| 08 |
- Personaje: Vilgilio. - Exmonstruo: Vial vil. - Localización: Al-Balad. Dentro de la gran vasija que está en el centro del pueblo. - Fragmento de recompensa: Vía vial. - Condición para que aparezca: Putzuberde completo (Paso 11). |
| 09 |
- Personaje: Patón. - Exmonstruo: Garrapatón. - Localización: Putzuberde. Dentro de la habitación derecha del interior de la posada. - Fragmento de recompensa: Gruta de Garrafilada. - Condición para que aparezca: Putzuberde completo (Paso 11). |
| 10 |
- Personaje: Mercuria. - Exmonstruo: Limo metálico. - Localización: Villa Marmota. Tras los engranajes que están en la planta superior de la torre del reloj. - Fragmento de recompensa: Regreso al Bosque de Arbolimo. - Condición para que aparezca: Villa Marmota completa (Paso 12). |
| 11 |
- Personaje: Nacho. - Exmonstruo: Notan macho. - Localización: Efigie del Gran Espíritu. En el lado este de esta zona. - Fragmento de recompensa: Fortaleza del Fachinero. - Condición para que aparezca: Malpartida completa (Paso 15). |
| 12 |
- Personaje: Momi. - Exmonstruo: Cofre mimético. - Localización: Quintanilla de la Charca. En el sótano de la gran casa que está en el lado noroeste del pueblo. - Fragmento de recompensa: Risco del Riesgo. - Condición para que aparezca: Malpartida completa (Paso 15). |
| 13 |
- Personaje: Toñín. - Exmonstruo: Castañinvasor. - Localización: Valle de Eolo. Dentro de la Iglesia. - Fragmento de recompensa: Hoyo de los Héroes. - Condición para que aparezca: Bucanarias completa (Paso 19). |
| 14 |
- Personaje: Hípoco. - Exmonstruo: Caballito de la muerte. - Localización: Puentecillo cercano a Providencia. Es el puente que está al suroeste de Providencia. - Fragmento de recompensa: Arboleda de la Muerte. - Condición para que aparezca: Bucanarias completa (Paso 19). |
| TERCER CRECIMIENTO DE LA CIUDAD | |
| 15 |
- Personaje: Riglopberto. - Exmonstruo: Limo emperador. - Localización: Bucanarias. En el faro que está en la planta más alta del palacio. - Fragmento de recompensa: Estrasburglop. - Condición para que aparezca: Cuando aparece la Catedral de la Perdición (Paso 27). |
| 16 | - Personaje: - Exmonstruo: - Localización: Cueva a otro mundo (zona final) - Fragmento de recompensa: - Condición para que aparezca: Derrota al enemigo en 25 turnos |
- Forma inicial de El Refugio: de 0 a 2 residentes.


En el pueblo no hay ninguna casa. Solo encontrarás a Renata junto a un gran bloque de piedra.
- Primer crecimiento de El Refugio: de 3 a 6 residentes.


Cuando El Refugio crece por primera vez al tener más de 3 residentes (hasta 6), aparecerá una iglesia en la que te darán las mismas opciones que en el resto de iglesias a excepción de la opción de guardar los avances.
También aparecerá una taberna donde en el mostrador te darán la opción de conectarte por internet a los servidores de Square Enix para compartir tablillas y para descargar tablillas poco comunes.
- Segundo crecimiento de El Refugio: de 7 a 13 residentes.


El Refugio crecerá por segunda vez cuando tenga más de 7 residentes (hasta 13) y aparecerán dos casas. En una de ellas encontrarás varios cofres que se abren con la Llave Suprema (contienen Colmillos de oricalco, Malla real, Corazón de linternavil y un Fragmento misterioso ) y una vasija que contiene una minimedalla. En la otra casa encontrarás un casino en el que podrás jugar al juego de las parejas, al póquer, a máquinas tragaperras y también tendrás un banco para ingresar o retirar monedas de oro.
- Tercer crecimiento de El Refugio: más de 14 residentes.


En este crecimiento aparecerá una casa sobre la escalera que te lleva al pedestal donde se colocan los fragmentos que te han dado los residentes (casa de arriba a la izquierda). Esa casa es la Casa de Huéspedes y también aparecerá una tienda de campaña en la que puedes jugar a la Tómbola.
Cuando en El Refugio haya más de 14 residentes, al hablar con Renata cambiará las opciones que te daba. Además de las opciones que te daba anteriormente, ahora aparecerán dos más: "Invitar como huésped al Refugio" y "Echar a un huésped del Refugio".

Para poder invitar a alguien como huésped, antes debes haber ido a la Taberna del Navegador para descargarte una tablilla (al descargarte una tablilla también descargarás a un nuevo residente).
También podrás invitar como huésped a los personajes que entren por StreetPass en el Monstruológico.
En el Refugio aparecerán varios lugares importantes.
| PEDESTAL PARA COLOCAR LOS FRAGMENTOS. |
Este pedestal lo encontrarás bajando por la escalera que está arriba a la derecha del Refugio (cuando el pueblo crece por segunda vez, esta escalera quedará dentro de la casa de arriba a la izquierda del mapa). También podrás llegar entrando por la puerta que está en la gran roca junto a la que estaba Renata al inicio.
En este pedestal podrás poner los fragmentos que te dan los residentes que van llegando al pueblo.


Al colocar los fragmentos que te han dado los exmonstruos podrás viajar a cuevas misteriosas, torres, etc.
La chica que está junto al pedestal te dará una "Cartilla de sellos" en la que se quedará marcado cada nuevo enemigo que derrotes en una mazmorra de tablilla de viajero.
Para ver los sellos que has conseguido, debes entrar en el menú que aparece al pulsar el botón "X" y seleccionar "Sellos de monstruos". Al colocarte sobre un monstruo verás la cantidad que has derrotado, la experiencia que consigues al vencerlos, los objetos que has obtenido, etc.


Si examinas el pedestal, te darán la opción de ver las tablillas de viajero que has conseguido, te darán la opción de colocar una de ellas o de quitar la que ya hayas colocado.
En este pedestal solo puedes colocar una de las tablillas que hayas colocado, ya que cada una de ellas te lleva a una zona diferente.
Si eliges "Colocar una tablilla de viajero", te darán a elegir entre "Mis tablillas" y las "Tablillas recibidas" de los residentes que has encontrado. En el apartado "Mis tablillas" se irán agragando las tablillas que hayas conseguido en el Monstruológico.


Cuando colocas una tablilla recibida, aparecerás en una zona donde tendrás que avanzar hasta el final para encontrarte con el jefe de esa zona. Cuando lo derrotes te obsequiarán con una supersimiente de cualquiera de los tipos, con corazones, etc, y seguidamente saldrás automáticamente de esta zona.


Si tras derrotar al jefe quieres cambiar de zona, tendrás que "Quitar una tablilla de viajero" para después seleccionar "Colocar una tablilla de viajero" nueva que te lleve a otra zona.
A la derecha del pedestal donde se colocan las tablillas, encontrarás un teletransportador que te llevará al Monstruológico.

| TABERNA DEL NAVEGADOR. |


En el interior de la taberna encontrarás una barra en la que el camarero te dirá que a través de internet podrás conectar tu Nintendo 3DS a los servidores de Square Enix para compartir tablillas de viajero con la gente que está conectada al mismo servidor. También podrás descargar tablillas poco comunes que no se podrá conseguir de otra manera.
* Nota: Cada vez que te vayas a conectar a internet el camarero guardará el juego.
Al conectarte te darán la opción de "Compartir tablillas" o de "Descargar tablillas".
Si le das a "Descargar tablillas", aparecerá un listado con las tablillas que puedes descargar. Selecciona una de ellas y así la podrás utilizar en el pedestal, además, pasarás a tener un nuevo exmonstruo más en el pueblo.


| CASA DE HUÉSPEDES. |
La Casa de Huéspedes aparece arriba a la izquierda del mapa cuando El Refugio crece por tercera vez (cuando el pueblo tiene más de 14 residentes).


En un principio la Casa de Huéspedes estará vacía, pero si vas a la Taberna del Navegador y descargas alguna tablilla, aparecerá un nuevo residente. También podrás conseguir nuevos habitantes compartiendo tablillas de viajero en el Monstruológico.
El número de residentes es limitado, por lo que cuando llegues al máximo número de residentes, los más antiguos irán abandonando el pueblo. Si quieres que ese nuevo residente se quede en el pueblo y no lo abandone, debes darle una habitación en la Casa de Huéspedes. Para hacerlo, debes hablar con Renata y elegir la opción "Invitar como nuevos huésped al Refugio", después elige un personaje de los que aparece en el listado y este aparecerá dentro de la Casa de Huéspedes.


A medida que vas invitando a huéspedes, la casa irá creciendo y aparecerán más plantas (entran cuatro huéspedes por planta).
En la primera planta (nivel 2) encontrarás un cofre que se abre con la Llave Suprema y contiene un Anillo de Vida. También encontrarás dos minimedallas, una en cada mesilla.
En la segunda planta (nivel 3)
encontrarás un cofre que se abre con la Llave mágica y contine las Gafas de erudito. En la mesilla encontrarás un Boleto de tómbola.
En la tercera planta (nivel 4)
encontrarás un cofre que se abre con la Llave mágica y contine un Anillo de fuerza. En una de las mesillas enconrtarás un Boleto de Tómbola y en la otra encontrarás una minimedalla.
La Casa de Huéspedes también tiene un límite y cuando lo alcances, uno de los huéspedes tendrá que abandonar la casa.
| CASINO. |
El casino aparecerá dentro de la casa que está más al norte del pueblo cuando ha crecido por segunda vez (de 7 a 13 residentes).
Dentro del casino podrás jugar al juego de las parejas, al póquer y a máquinas tragaperras de tres valores diferentes (verdes de 1 ficha, azules de 10 fichas y rojas de 100 fichas).
En el casino también encontrarás un banco en el que podrás ingresar o retirar monedas de oro.


En este casino podrás canjear las fichas por los siguientes objetos.
| Objeto | Precio |
| Traje de petimetre | 2000 |
| Brazalete de meteorito | 15000 |
| Armadura real | 30000 |
| Corazón de pavo prisma | 100000 |
| Mangual destructor | 300000 |
| Salto de cama | 500000 |
| TÓMBOLA. |
En el tercer crecimiento del pueblo, aparecerá una tienda de campaña por el lado izquierdo en la que encontrarás a una anciana que te ofrecerá jugar a la tómbola.


Para poder jugar a la tómbola necesitarás unos boletos. Estos boletos te los dará el personaje que está al lado del pedestal donde se colocan las tablillas. Por cada seis sellos de monstruo te dará un boleto que podrás usar para jugar en la tómbola (recuerda que los sellos los conseguirás por cada nuevo enemigo que derrotes en una mazmorra de tablilla de viajero).

Al jugar a la tómbola saldrán bolas de colores que te cambiarán por premios, pero si te toca la bola negra no ganarás nada. Si te toca una bola blanca te darán otro boleto para jugar una vez más.
En la tómbola te puede tocar: Boleto de tómbola (Bola blanca) - Orbe brillante (bola verde) - Bola extra adicional (Bola plateada) - Zuecos de ánimo extra (bola dorada) - Elixir élfico (Bola azul).