Guía Endless Ocean 2: Aventuras bajo el mar
Acuario (Japón). 
Una vez de vuelta a este lugar te encontrarás con Ichiro Enoshima, el coordinador del acuario, el cual te propondrá que ejerzas de coordinador temporalmente en su lugar. Gracias a eso podrás usar los animales anotados en tu Guía de fauna marina para montar una exposición.
El acuario se divide en tres zonas: el tanque principal (para exhibir animales medianos o grandes), la galería de Mundos en Miniatura (para exhibir animales pequeños) y la sala de Vecinos del Mar (para exhibir animales terrestres).
Introduce en cada zona los animales que quieras, y cuando termines habla de nuevo con Ichiro Enoshima y pregúntale por Hayako. Entonces pasarás a ver una secuencia en la que ella te contará lo que ha descubierto en la Tabla oceánida y después se unirá al equipo de Expediciones submarinas R&R.
Después regresarás automáticamente a la Isla Carambola y desde allí podrás ir a un nuevo destino: el Mar de Weddell.
Mar de Weddell (Antártida).
Al llegar aquí recibirás una Grasa que te ayudará a soportar mejor el frío reinante en las heladas aguas del Océano Antártico.
Después sumérgete junto a Hayako en el único punto de inmersión disponible ("Zona noreste"), y luego dirígete hacia el suroeste para acceder a la zona llamada "Iceberg singular (A-sm 16p)", situada en la esquina inferior izquierda del punto D-1 del mapa.
Una vez en ese lugar dirígete a la cara sur del iceberg para encontrar una grieta (punto C-3 del mapa), y luego síguela descendiendo hasta los 45 metros de profundidad. Así encontrarás una zona llamada "Cuévano inferior 3".
Luego busca una cavidad siguiendo las indicaciones de Hayako, y de esta manera encontrarás la entrada de la Caverna del iceberg, lugar en el que habrás de meterte.
Dentro deberás avanzar hasta un lugar llamado Cúpula de cristal para encontrar una foca leopardo y unos cristales al oeste que tienen un destello. Colócate frente a dichos cristales y toca el Silbato para hacer enfadar a la foca. Después agita el mando de Wii para evitar su embestida y así harás que rompa los cristales. De esa manera podrás seguir avanzando por la caverna.
Más adelante llegarás a una zona llamada "Salón radiante" y allí encontrarás una marsopa de anteojos herida. Cúrala con el Púlsar y de esa manera entablarás amistad con ella, podrás ponerle nombre y obtendrás un nuevo Título.
Después sal de la caverna del iceberg por el mismo lugar por el que entraste, y una vez fuera verás una gigantesca ballena azul. Luego recibirás un mensaje por radio y entonces tendrás que regresar al barco (no podrás hacerlo directamente desde la caverna).
Cuando regreses a la superficie verás que se ha desatado una fuerte ventisca que impedirá que puedas encontrar el camino de regreso. Afortunadamente aparecerá la marsopa que conociste antes y entonces tendrás que seguirla para poder encontrar el rumbo que te permita salir de allí.
Elige las direcciones adecuadas y de esta manera terminarás el capítulo 3, recibirás un Título nuevo y regresarás automáticamente a la Isla Carambola.
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