Una vez que hayas visto los títulos de crédito finales, podrás regresar a la Nave Botella antes de su destrucción. Samus busca un objeto irreemplazable antes de que la Federación elimine completamente la nave.

Vuelves a la entrada del sector principal, nada más llegar te informan que ahora puedes usar las Bombas de Energía.

Avanza por el único camino posible (que ya conocerás perfectamente) hasta llegar a la gran sala desde donde Adam daba las órdenes. A su derecha hay una puerta y al pasar por ella verás que el camino ahora está cortado. Sin embargo, hay una salida a la derecha que para abrirla tienes que usar una Bomba de Energía.

Al abrirla aparecerá un enemigo. Se mueve rápidamente, y si se te acerca mucho, te agarrará. Lo mejor que puedes hacer es mantenerte alejado de él y dispararle desde lejos.

Usa tu rayo cargado o misiles si está muy lejos, pero ten cuidado porque si recargas un supermisil es fácil que te agarre. Cuando veas que se queda quieto aprovecha para acercarte a él y destruirle con un golpe de gracia.

Una vez derrotado podrás seguir el camino hacia la derecha. Llegarás a una gran sala circular con una torre con paneles de información en el centro (la Zona residencial).

Hay varios enemigos voladores que no te harán perder mucho tiempo. Continúa por la otra puerta de salida en esta sala. Recorriendo los pasillos vas a llegar a otro que no tiene salida, fíjate en el lado derecho para localizar otra salida que se abre con las Bombas de Energía.

Al abrirlo volverá a aparecer un monstruo como en la anterior ocasión, sigue los mismos consejos que antes para derrotarlo.

Al seguir hacia la derecha hay dos caminos, el de la derecha te lleva al sector 0 y no hay nada que puedas hacer allí ahora. Sigue por el pasillo que va hacia el fondo.

Continúa por el único camino posible, avanzarás por los pasillos con gravedad pero gracia a tu traje no te verás afectado por ella. Al final de esta zona saldrás por un pasillo elevado y tendrás que continuar hacia la derecha.

Saldrás a la zona de agua, sigue el camino por encima de la nieve hasta salir por una puerta. De nuevo tendrás que enfrentarte a dos conocidos enemigos y después continúa el camino por la puerta de arriba en el lado derecho.

Siguiendo el único camino posible volverás a la zona del exterior que está nevada (después de subir una gran cuesta con la Aceleración). Al salir ve hacia la izquierda y podrás llegar al ascensor principal para cambiar de sector. Regresa al sector principal.
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En el siguiente pasillo puedes encontrar una entrada que se abre con las Bombas de Energía. El pasillo sigue hacia delante (no está cortado), por lo que debes fijarte en la mitad del recorrido para verlo. Si sigues avanzando, puedes coger algún objeto de expansión, pero el camino para avanzar es por aquí.

De nuevo tendrás que derrotar al enemigo que aparece y después entra en el camino que has abierto. Sigue por la puerta que hay a la derecha y entrarás en un largo pasillo.

Este pasillo se va cerrando por tramos con unas grandes paredes de metal. Para abrirlas y continuar el camino, debes derrotar a todos los enemigos que aparecen en cada tramo.

Una vez derrotados los dos primeros enemigos, notarás que hay un enemigo invisible (el camino no se abre). Usa tu modo exploración para localizarlo y poder atacarle con misiles.

Sigue derrotando a los enemigos en cada tramo. Recuerda que al saltar, tu ataque rotatorio daña a los enemigos, a muchos de ellos los derrotas con sólo tocarlos una vez.

Irán apareciendo todo tipo de enemigos, el último es el más duro aunque ya te has enfrentado a él anteriormente. Esquiva sus misiles y no dejes de moverte para que no te dañe con sus largos brazos.

Al final del largo pasillo encontrarás la entrada al Puente de mando y aquí tendrás que enfrentarte a un gran enemigo. Es un enorme monstruo que te ataca desde fuera de la nave.

Te atacará lanzando unas bolas azules de energía (que parecen ojos) y unos rayos que crean zonas ardientes en el suelo. Puedes esquivarlos si no dejas de moverte y saltas continuamente.

También aparecen otros enemigos que son como unas manos que te persiguen, puedes derrotarlas fácilmente con tu salto rotatorio.

Para atacarle debes cargar tu rayo y dispararlo contra su gran ojo central. También puedes lanzarle supermisiles cuando veas que tienes tiempo suficiente para prepararlos.

No te acerques mucho a él o te golpeará con sus largos brazos. Sin embargo, cuando caiga el ojo al suelo (al quedarle poca energía) sí debes correr hacia él para hacerle un golpe de gracia y acabar con él. Si no lo haces se recuperará y deberás seguir disparándole hasta terminar con toda su energía.

Una vez derrotado aparece un enganche en el techo, úsalo para poder elevarte y salir de esta sala. llegarás a un ascensor que se queda parado, para salir de él usa las Bombas de Energía con tu Morfosfera.

Así podrás dejarte caer y continuar avanzando por la puerta de abajo. Así vas a llegar a la última sala y vas a encontrar el objeto irreemplazable que buscabas. Al cogerlo oirás por la megafonía de la nave que el protocolo de autodestrucción se ha activado.

Tienes 5 minutos para salir de la nave antes de que explote. Para ello ve a la derecha y como las puertas están cerradas debes saltar por el cristal (que se acaba de romper).

Ahora sólo hay un camino para ir a la salida, el problema es que siguen apareciendo enemigos (aunque pocos) y el camino está lleno de escombros y llamas. También verás que se te cierra el camino con unas vayas, pero puedes levantarlas de nuevo si les disparas repetidas veces.

Hay ocasiones en las que tendrás que agacharte y deslizarte para poder pasar, simplemente presiona abajo y el botón 2 para hacerlo.

Si logras llegar a tu nave antes de que la cuenta atrás llegue a su fin, podrás escapar de allí.

Una vez completada la misión te dirán el tanto por ciento de objetos conseguidos en total. Después puedes volver a entrar en tu partida grabada (que habrá quedado actualizada con las nuevas expansiones conseguidas y caminos abiertos) para seguir recogiendo expansiones. Sin embargo, aunque ya lo hayas cogido, puedes volver a coger el casco de Adam cada vez que entres en tu partida grabada.
