Comienzas viendo un vídeo de introducción donde se ve el enfrentamiento de Samus contra Mother Brain.

Al terminar el combate verás a Samus en una cama de la que se levanta al terminar de rememorar aquel brutal enfrentamiento.

Después te equiparás con tu traje especial y serás guiado a una sala de entrenamiento. Después de ver la secuencia de vídeo completa tendrás que seguir las indicaciones de pantalla para completar un pequeño entrenamiento.
En primer lugar, tendrás que mantener pulsado el botón 1 para usar el Rayo recarga. Mira hacia la bola de luz azul y al soltar el botón el disparo irá automáticamente hacia ella.

Después pulsa el botón A para pasar al modo Morfosfera, pulsa los botones 1 y 2 para dejar bombas en el suelo y para saltar. De nuevo pulsa A para salir de este modo.

Para el salto escalada ten en cuenta que debes dejar la cruz de control presionada siempre en la misma dirección. Si cambias de dirección Samus caerá al suelo. Así que salta hacia la pared y sin dejar de presionar esa dirección ve pulsando el botón 2 para realizar cada salto.

Después pasarás al momento del ataque. Aparecen varios enemigos a los que debes derrotar disparando con el botón 2. Si miras hacia ellos, Samus apuntará directamente a los enemigos (no existe un punto de mira que debas controlar).

Después pasarás al modo defensa, cuando se acerquen rayos enemigos puedes esquivarlos rápidamente, si esperas a que estén justo a tu lado.
Para ello simplemente pula una dirección con la cruz de control, si lo haces presionando el botón 1, puedes recargar el disparo rápidamente y así contraatacar.

Ahora tendrás que colocar en vertical el mando de Wii y presionar el botón A. Si el mando se encuentra en esta posición, en vez de convertirte en Morfosfera recargarás tus misiles. Esta acción se llama Concentración.

A continuación, pasarás al Modo Exploración. Ahora tendrás que apuntar a la pantalla con el mando de Wii, la vista cambiará a primera persona (la cámara se sitúa dentro del casco de Samus) y aparecerá un puntero. Si dejas presionado el botón B puedes mover el punto de vista y examinar tu alrededor.

Si dejas apretado el botón B sobre un objeto fijarás el blanco en él. Tendrás que mirar hacia el techo y encontrar a un enemigo camuflado. Al hacerlo, fija el blanco en él y dispárale un misil (presionando el botón A).

Al estallarle el misil caerá al suelo, ahora tendrás que derrotarle. Dispárale sin parar y salta sobre él para agarrarle y dispararle en la cabeza. Así le vencerás rápidamente.

Por último, volverás a cambiar al modo Morfosfera para cargar una bomba de energía al máximo.

Una vez terminado el entrenamiento, acabará el prólogo.
