Samus navega por el espacio en su nave, de repente recibe una señal de ayuda desde el espacio. No lo duda y cambia su rumbo para investigar ese lugar. Así llegará a una extraña estructura llamada "Nave Botella".

Una vez fuera de la nave usa el modo de exploración para mirar a tu alrededor. Debes fijar el punto en el símbolo de estrella que hay en la otra nave aparcada allí.

Así descubrirás que ya hay una patrulla de la Federación Galáctica en este lugar. Sal del modo de exploración y corre hacia la derecha, podrás cruzar la puerta que hay y recorrer el pasillo posterior.

Al final de éste, encuentras a la patrulla de la Federación galáctica intentando abrir una puerta. Conoces a dos de sus hombres y después de un breve vídeo tendrás que ayudarles a abrir el camino. Para ello fija el blanco en el centro de la puerta usando el modo de exploración y dispara un misil.

Así podrás desbloquearla y la patrulla podrá pasar. Samus se quedará aquí, sin embargo, decide no usar bombas ni misiles hasta que le den permiso para ello. Avanza entrado por la puerta abierta y enseguida vas a recibir la visita de un enemigo volador que te empujará haciéndote caer de un puente.

Una vez abajo, varios de estos enemigos se acercarán para atacarte. Usa tu disparo para acabar con ellos. A continuación, ve hacia la derecha y usa el disparo cargado para abrir una reja cerrada.

Así podrás pasar por debajo de ella usando el modo Morfosfera.

Cuando estés detrás de ella salta hacia las plataformas de los lados para ir subiendo (no es necesario rebotar en las paredes, aunque puedes hacerlo).

Una vez arriba verás el puente del que te tiraron y tendrás que seguir subiendo. Ten cuidado con los dos enemigos que hay y continúa tu camino hacia la izquierda. Allí saldrán varios enemigos de la pared, derrótalos para poder seguir avanzando. Si te acercas mucho a ellos te agarrarán a la cabeza causándote daño.

Continúa el camino por la pasarela de arriba hasta llegar a otra puerta. Sigue avanzando y llegarás una puerta a la izquierda y unas escaleras al fondo. la puerta te lleva a unos servicios donde no puedes hacer nada.
Continúa el camino subiendo por las escaleras. Arriba hay un ordenador junto a una puerta, acércate a él y quédate frente a él un segundo para usarlo (no tienes que pulsar ningún botón).

A continuación, entra por la puerta y avanza por el pasillo derrotando a los enemigos que aparezcan. Al final tendrás que escalar una pared usando el salto escalada.

Arriba entra por la puerta y avanza por el único camino posible. Vas a llegar a una zona amplia con varias plataformas en los laterales y otras en forma de "U" en el centro. Debes saltar de unas a otras para alcanzar la parte superior de la sala.

Una vez arriba del todo ve por un pasillo que hay a la izquierda, cruza la puerta y avanza para llegar a la cabina de navegación. La puerta del fondo está cerrada, pero si te colocas sobre la plataforma circular que está frente a un ordenador se abrirá. Además, recargarás la energía de tu traje y grabarás la partida en este punto.

Cruza la puerta y avanza por el pasillo lleno de enemigos, al final hay una puerta. Al cruzarla encontrarás de nuevo a la patrulla de la Federación. De nuevo verás una secuencia de vídeo que termina con la transformación de varios bichos en una gran criatura de largos brazos.

Por mucho que le dispares no podrás dañarle. Corre a su alrededor para que no te aplaste con sus brazos cuando golpea.

Usa el modo exploración para examinar su ojo. Al poco tiempo, el jefe de la patrulla dará permiso para poder utilizar disparos de hielo y misiles. Ahora podrás apuntarle al ojo y disparar un misil (en el modo de exploración), aunque para dañarle tendrás que esperar a que la patrulla le congele una parte del cuerpo y a continuación dispararle un misil en ella.

Tendrás que destruir del mismo modo sus dos brazos y posteriormente su cuerpo. Al lograrlo saldrá de su interior un enorme bicho, síguele y no dejes de dispararle para acabar definitivamente con el monstruo.

Una vez derrotado verás una nueva secuencia de vídeo, conocerás parte del pasado de Samus cuando pertenecía a la Federación Galáctica a las órdenes de Adam (el jefe de la patrulla que has encontrado).

En este momento te darán permiso para usar tus bombas normales en el modo Morfosfera. Cada miembro de la patrulla será asignado con una misión, y a ti, te asignarán la misión de restablecer la energía de la nave.
