Comienzas la operación frente a una gran plataforma donde hay una esfera de energía justo en el centro. Debes destruirla, así que usa cualquier arma para golpearla. Cada poco tiempo la pantalla se inundará de una fuerza de energía que te impedirá usar cualquier arma, pero el efecto solo durara uno segundos. Enseguida aparecerán dos rayos que irán girando a su alrededor, si estás pegado a la esfera o saltas, te dañarán, pero si estás en el borde de la plataforma pasarás por debajo de ellos.

Al principio los rayos irán girando en el mismo sentido, pero al cabo de unos golpes pasarán a moverse en sentido contrario. El modo de esquivarlo será el mismo que antes, mantente alejado de la esfera para pasar por debajo. Sigue golpeando la esfera hasta acabar con ella.

Después de destruirla tendrás que enfrentarte a un gran robot, sin poder bajar de la plataforma en la que te encuentras. El robot irá dañando la plataforma en cada ataque que efectúe contra ti, si la destruye tú caerás también. Lo primero que intentará es arrancarla agarrándola de un lateral. Acércate rápidamente a la mano y golpéala para lograr que suelte la plataforma.

Cuando da vueltas alrededor de la plataforma se prepara para golpearla con su puño, aléjate de él para que no te aplaste. Si no está atacando, puedes atacarle tú usando tu pistola o cualquier otra arma si te acercas a él, apunta a la cabeza para dañarle.

Cada cierto tiempo aparecen helicópteros de donde bajarán soldados que puedes reclutar, no dejes de hacerlo para incrementar tu grupo. También aparecerán más enemigos sobre la plataforma, derrótalos rápidamente para evitar que te ataquen desde varios frentes. Cuando veas que el robot coge un gran camión y se prepara para lanzarlo, dispárale con tu pistola para evitar que lo haga.

En otra ocasión agarrará la plataforma con unos tentáculos que salen de sus puños. Primero esquiva los puños y a continuación usa la espada para cortar los tentáculos y lograr que caiga al vacío.

Cuando ataque con un gran rayo, ponte a salvo y usa la espada para reflejarlo antes de que te queme.

Si el enemigo no está atacando puedes acercarte a él para golpearle con cualquier arma si la cabeza está descubierta.

Sin embargo, si tiene un casco con pinchos, debes usar el látigo para quitársela y poderle dañar.

Más adelante, se preparará para golpearte con su brazo derecho (formado por la nave), en ese momento puedes evitar el golpe si disparas a tiempo con tu pistola.

Cuando aparezca el escuadrón de aviones, debes saltar para subirte a ellos. Desde el avión podrás seguir atacando al robot usando el látigo o la pistola para alcanzarle.

Para evitar algún ataque a distancia del robot, puedes disparar con tu pistola o esquivarlo agarrándote con el látigo al avión que pasa por encima.

Una vez que le quites toda la energía al robot, hará un último ataque cogiendo un gran edificio en sus manos. Para evitar el ataque tendrás que crear una hectomano en el momento justo.

Después de usar la hectomano contra el edificio también debes crear un látigo cuando el tiempo se ralentice para acabar con el robot. Entonces podrás entrar en el interior del robot pulsando el botón B junto a su cabeza.

Dentro de él, solo tienes que avanzar con cuidado de los chorros de líquido verde que te dañan si te tocan y de no caer al vacío.

Al final del recorrido hay una gran burbuja que debes destruir con cualquier arma.

Por último, tendrás que usar el látigo y posteriormente la hectomano para acabar con el robot.

Ahora podrás comenzar la operación 003.