La Federación Galáctica ha sido informada de que letales criaturas conocidas como metroides han sido detectadas en el interior del planeta SR388. Los metroides crecen en número rápidamente y aún peor, están evolucionando y haciéndose más poderosos cada minuto que pasa.
Existen cinco tipos distintos de metroide: metroide, metroide alfa, metroide gamma, metroide zeta y metroide omega. Tu misión: viajar al planeta SR388 y exterminar a todos los metroides de una vez por todas (hay 40 en total).
| Metroide | Tipo | Zona | Detalles |
| 1.º Metroide | Alfa | Superficie | Obtén la Morfosfera y el Escáner a Impulsos. |
| 2.º Metroide | Alfa | Área 1 | Obtén el Rayo Recarga y accede al Área 1. |
| 3.º Metroide | Alfa | Área 1 | Obtén las Bombas, el Rayo de Hielo y la Aracnosfera. |
| 4.º Metroide | Alfa | Área 1 | Nada que destacar. |
| 5.º Metroide | Alfa | Área 1 | Nada que destacar. |
| 6.º Metroide | Alfa | Área 2 | Accede al Área 2. |
| 7.º Metroide | Alfa | Área 2 | Obtén la Armadura Eléctrica. |
| 8.º Metroide | Alfa | Área 2 | Obtén la Saltosfera. |
| 9.º Metroide | Gamma | Área 2 | Obtén el Traje Climático. |
| 10.º Metroide | Alfa | Área 2 | Obtén el Rayo de Ondas y las Botas de Salto Alto. |
| 11.º Metroide | Alfa | Área 2 | Nada que destacar. |
| 12.º Metroide | Alfa | Área 2 | Nada que destacar. |
| 13.º Metroide | Alfa | Área 2 | Nada que destacar. |
| 14.º Metroide | Gamma | Área 3 | Accede al Área 3 y obtén la Multirráfaga de Rayos y el Rayo Enganche. |
| 15.º Metroide | Gamma | Área 3 | Nada que destacar. |
| 16.º Metroide | Gamma | Área 3 | Nada que destacar. |
| 17.º Metroide | Alfa | Área 3 | Nada que destacar. |
| 18.º Metroide | Alfa | Área 3 | Nada que destacar. |
| 19.º Metroide | Gamma | Área 3 | Nada que destacar. |
| 20.º Metroide | Alfa | Área 3 | Nada que destacar. |
| 21.º Metroide | Gamma | Área 3 | Nada que destacar. |
| 22.º Metroide | Gamma | Área 3 | Nada que destacar. |
| 23.º Metroide | Gamma | Área 3 | Nada que destacar. |
| 24.º Metroide | Gamma | Área 4 | Accede al Área 4 y obtén el Rayo Múltiple. |
| 25.º Metroide | Gamma | Área 4 | Obtén el Salto Espacial y los Supermisiles. |
| 26.º Metroide | Zeta | Área 4 | Nada que destacar. |
| 27.º Metroide | Alfa | Área 4 | Nada que destacar. |
| 28.º Metroide | Alfa | Área 5 | Accede al Área 5. |
| 29.º Metroide | Zeta | Área 5 | Obtén el Desplazamiento en Fase, el Rayo de Plasma, el Traje Gravitatorio y el Ataque Espiral. |
| 30.º Metroide | Gamma | Área 5 | Nada que destacar. |
| 31.º Metroide | Gamma | Área 5 | Nada que destacar. |
| 32.º Metroide | Zeta | Área 5 | Nada que destacar. |
| 33.º Metroide | Gamma | Área 5 | Nada que destacar. |
| 34.º Metroide | Gamma | Área 5 | Nada que destacar. |
| 35.º Metroide | Zeta | Área 6 | Accede al Área 6. |
| 36.º Metroide | Omega | Área 6 | Nada que destacar. |
| 37.º Metroide | Omega | Área 7 | Obtén las Bombas de Energía y accede al Área 7. |
| 38.º Metroide | Omega | Área 7 | Nada que destacar. |
| 39.º Metroide | Omega | Área 7 | Nada que destacar. |
| 40.º Metroide | Normal | Área 8 | Accede al Área 8. |
| Desenlace | |||
| Metroides finales | Normales y Reina |
Área 8 | Nada que destacar. |
| Final | Ridley | Superficie | Encuentra al bebé metroide. |